Все священники, с точки зрения советских властей, априори были опасными политическими врагами, оказывающими плохое влияние на население. 2 октября 1940 года заместитель народного комиссара внутренних дел ЛССР Петр Гладков подписал приказ главам районов собирать данные о священниках всех религий и внимательно следить за их деятельностью. Советские спецслужбы также проявляли особый интерес к взглядам высших иерархов Церкви и строили планы по провоцированию некоторых конфликтов между ними. В начале 1941 года НКВД подготовило проект предложений о том, как уничтожить католическую церковь в Литве. В нем рекомендовалось не только усилить давление на Церковь, но и организовать раскол внутри Каунасской архиепископии, используя противоречия между умеренной частью Церкви во главе с архиепископом Юозапасом Сквирецкасом и антисоветским течением, возглавляемым его заместителем, епископом Винсентасом Бризгисом. Проект также предусматривал разжигание разногласий между поляками и литовцами по поводу присоединения Вильнюсской архиепископии к Литовской церковной провинции.
Готовясь к осуществлению таких планов, НКВД Литвы использовал свой уже широко опробованный механизм репрессий против духовенства. По словам представителей советской секретной службы, репрессии должны были напугать священников и сделать их послушными. Эта задача была реализована простым террором: во многих случаях священников задерживали на улице и приводили на допросы или сажали в тюрьму без предъявления каких-либо официальных обвинений. До 6 июня 1941 года 47 священников и монахов (по неполным данным) были задержаны на некоторое время, 35 были депортированы из Литвы в СССР или отправлены в трудовые лагеря 14-18 июня 1941 года, 17 были убиты в Литве во время отступления советской армии.
Препятствия, возникшие при подготовке новых священников, привели к уменьшению их числа. В 1940-1941 годах Каунасской священнической семинарии и Вильнюсской священнической семинарии (хотя обе они потеряли многие свои здания) удалось продолжить свою работу, но 21 мая 1941 года Бюро ЦК LCPIB] приняло решение закрыть официальные и неофициальные священнические семинарии всех религий. Решение не было выполнено из-за начала германо-советской войны.
Советский террор. Первые массовые депортации
Первые массовые депортации
Непротивление насилию руководителей Литовской Республики не спасло нацию от репрессий. Ликвидация или изоляция врагов режима, массовые аресты и депортации были неотъемлемой частью большевистской модели социализма. Гнет Советской России был намного тяжелее царского, потому что всего за один год в тюрьмах и депортациях было заключено больше литовцев, чем за весь 19 век.
Основа для начала террора была заложена приказом директора Департамента государственной безопасности Снечкуса от 6-7 июля 1940 года. «Деструктивный и антигосударственный элемент, агитирующий против народного правительства и нарушающий порядок выборов, — заявляет командование от 6 июля, — приказываю быть арестованным на месте и завершить допрос в течение трех дней». «План подготовки и оперативной ликвидации антигосударственных политических партий — Национального союза, последователей правого политика» Аугустинас Вольдемарас, Популистский крестьянский союз, христианские демократы, Молодая Литва, троцкисты, социал-демократы, эсеры [Партия социалистов-революционеров], Союз стрелков и другие» был принят 7 июля. Он предусматривал составить до 10 июля списки лиц, которые должны быть арестованы, и совместно с подразделениями государственной пограничной армии НКВД СССР не допустить побега ни одного преследуемого лица в Германию. Только Департамент государственной безопасности нанимал разнорабочих — коммунистов оккупантов: Ицикаса Demba, Alfonsas Gailevicius, Judita Komodaite, Fridis Krastinis, Anupras Macevicius, Eu-siejus Rozauskas, Aleksandras Slavinas, Antanas Snieckus, Danielius Todesas and Jonas Zdanavicius organized this operation. Их действия контролировались и тайно регулировались инструкторами из Советского Союза. Только в Каунасской тюрьме было предусмотрено подготовить 200 мест для новых заключенных, однако из-за нехватки мест из семи тюрем были освобождены 525 преступников.