Списки неблагонадежных лиц пополнили также представители этнических меньшинств — поляки, евреи, русские и украинцы. До 13 января 1941 года НКВД зарегистрировал 17 939 польских военных беженцев, и большинство из них были включены в списки лиц, подлежащих аресту. Советы также планировали арестовать следующих поляков, проживающих в Литве: руководителей OZON (Oboz Zjednoczenta Narodowego — Лагерь национального единства), PPS (Polska Partia Socjalistyczna — Польская социалистическая партия), ND (Narodova Demokracja — Национально-демократическое движение), стрелки, легионеры, лидеры harcers (скаутов) и молодежных организаций, полицейские, тюремные служащие, прокуроры, судьи, военнослужащие, солдаты корпуса охраны государственной границы и другие. Из выделенных евреев, которых планировалось арестовать, были следующие: добровольцы, сражавшиеся за независимость Литвы, все главы сионистских организаций, еврейской организации «Бейтар», организации «Эль-Аль» и Союза еврейских ветеранов войны. От русских: военные офицеры, члены BRP (Братство русской правды — the Brotherhood of Russian Truth), NTSNP (Национальный трудовой союз нового поколения — the National Alliance of Russian Solidarists of the New Generation) и ряда других организаций.
В 1940 году большинство лиц, арестованных в Литве, содержались в местных тюрьмах. 11 сентября в тюрьмах содержалось 4125 человек. Большинство из них были обвинены по статье № 58 уголовного кодекса России — «за контрреволюционные преступления». Число арестованных увеличивалось с каждым месяцем. На 1 апреля 1941 года общее число заключенных составляло 6200 человек (3892 допрошенных и 2308 приговоренных). Сотни людей без каких-либо формальных оснований были обвинены в соответствии со стандартами уголовного кодекса Советской России. Многие заключенные испытали на себе последствия «необходимых действий по допросу» (пыток). Независимо от причин ареста, заключенных допрашивали очень жестоко. Те, чьи руки, пальцы или ребра были сломаны во время допросов, долгое время ждали помощи врача. В тюрьмах Литвы в течение года умерло 48 человек, из которых 27 человек были приговорены к смертной казни, а остальные умерли во время допросов.
В 1940-1941 годах, до великой депортации 14 июня 1941 года, было арестовано 6606 человек (3835 литовцев (58,1%), 1664 поляка (25,2%), 334 еврея (5,1%), 262 русских (4%) и другие), они были обвинены в политических преступлениях. Самые большие группы заключенных были отправлены из Литвы в лагеря ГУЛАГА в апреле-июне 1941 года — 3565 заключенных были перевезены в Советский Союз (1365 заключенных были перевезены туда после начала советско-нацистской войны). Они были заключены в трудовые лагеря в Архангельской области, республиках Коми и Карелия, Норильске, а также в тюрьмы в городах Соль-Илецк, Горький и других местах.
В 1941 году большинство литовцев, находившихся в заключении в трудовых лагерях и тюрьмах Советского Союза, формально все еще оставались допрошенными подозреваемыми. Эти формальности были решены зимой 1941-1942 годов, когда всем заключенным были предъявлены обвинения по разделам статьи № 58 и заочно приговорены к тюремному заключению сроком от 5 до 25 лет, в то время как некоторым из них было назначено самое суровое наказание — расстрел. Полковник Антанас Сидабрас, лейтенант. Полковник. Юозас Лавинскас, капитан. Стасис Громницкас, капитан. Брониус Саликас и другие были застрелены в Норильске. Более 5000 литовцев были приговорены, а 568 граждан Литвы были расстреляны в Сибири. Стремясь замаскировать эту практику, до сентября 1955 года Советы сообщали родственникам лиц, приговоренных к смертной казни, что приговоренные получили «10 лет тюремного заключения без права переписки и их местонахождение неизвестно». Согласно постановлению КГБ СССР от 24 августа 1955 года, родственникам лиц, приговоренных к смертной казни, сообщили, что заключенные «были приговорены к 10 годам лишения свободы и скончались по месту отбывания наказания». Из-за этого решения даты смерти были намеренно сфальсифицированы до начала 1990 года. Тем не менее, не все литовцы были приговорены немедленно. Некоторые из них много лет ждали решения Чрезвычайного заседания НКВД СССР. Бывший президент Литвы Александрас Стульгинскис находился в заключении в трудовом лагере Краслаг с июня 1941 года, но только 27 февраля 1952 года Чрезвычайное заседание МГБ СССР приговорило его к 25 годам тюремного заключения.