В первый день войны указом Президиума Верховного Совета СССР в регионах, расположенных вблизи линии фронта, включая Литву, было введено военное положение. Все дела политических заключенных были переданы военным трибуналам, которые в то время обычно назначали заключенным высшую меру наказания — расстрел. 22 июня Советы планировали перевезти 4000 заключенных из Литвы в СССР. Остальные должны были быть освобождены или расстреляны. Однако из-за быстрых изменений на фронтах войны планы не были реализованы. Сотрудники НКВД и НКГБ были вынуждены покинуть Каунас в ночь на 23 июня. 23 июня из Каунасской тюрьмы было перевезено около 100 заключенных. 24 июня в Минской тюрьме были казнены 15 человек, приговоренных к смертной казни. Полковник в отставке Степонас Рустейка, Ванда Пранкониене и капитан Шварплайтис были отделены от остальных заключенных и расстреляны. Все остальные заключенные были выведены из Минской тюрьмы вместе с 2000 другими заключенными. Большинство литовцев в Червене были включены в группу заключенных, которые подлежали ликвидации. Их вывели на марш в направлении Бобруйской тюрьмы, и большинство из них были казнены во время марша. Среди них были полковник Балыс Гедрайтис, полковник Юозас Шараускас и десятки других известных литовских деятелей или простых фермеров, рабочих и государственных служащих. Казиса Бизаускаса, одного из подписавших Акт о независимости Литвы, забрали из Каунасской тюрьмы. Вместе с 14 другими заключенными он был перевезен в Псковскую область, недалеко от железнодорожной станции Бигосово. 26 июня 1941 года все они были расстреляны.
Поскольку немецкая армия еще не вошла в Тельшяй, 24 июня руководители Тельшяйского НКГБ в сопровождении подразделения Красной Армии по возвращении в город отобрали из тюрьмы 76 политических заключенных. Существует мало информации о том, что произошло позже. Вероятно, это единственная резня в Литве, у которой не осталось выживших свидетелей. Только 28 июня, после того как было найдено и раскопано массовое захоронение, стало ясно, что все заключенные были садистски замучены до смерти. Акция, проведенная в Концлагерь Правенишкес отличался от других мест массового уничтожения не только своими размерами, но и тем, что были казнены все заключенные без исключения и даже тюремные надзиратели со своими семьями (они были литовцами). Вооруженные пулеметами и автоматическими винтовками солдаты Красной Армии расстреляли всех заключенных, когда их выгоняли из казарм. Погибло около 230 человек.
Небольшие группы заключенных вместе с другими гражданскими лицами были убиты в других местах Литвы. Коллаборационисты (советские и партийные активисты) убили десятки людей, которые были прямо обозначены как не лояльные или враждебные Советам. Из 672 убитых красноармейцев погибло 518 человек. Всего было совершено почти сорок групповых убийств.
Устремления дипломатической службы Литвы в 1940-1941 годах
Литовская дипломатическая служба (СПД) — единственное официальное учреждение независимой Литвы, которое никогда не подчинялось советской системе и продолжало свою деятельность без перерывов с 1918 года. К сожалению, вся структура LDS не сохранилась — продолжали работать только некоторые посольства и консульства Литвы на Западе. Судьба литовских посольств и дипломатов зависела от преобладающего политического отношения к странам Балтии в государстве, где присутствовала СПД, и от ее отношений с Советским Союзом. В течение всего периода оккупации Литвы СССР посольства Литвы продолжали свою работу в США, Ватикане и Великобритании, поскольку эти страны придерживались политики непризнания оккупации и аннексии государств Балтии. Литовский дипломатический персонал на Западе, сохранивший дипломатический иммунитет, и легально действующие посольства продолжали свою дипломатическую деятельность в изгнании, они подняли вопрос о свободе Литвы на международной арене.