С 10 по 17 июля новые сотрудники Управления государственной безопасности и инструкторы НКВД произвели первые массовые аресты. 11-14 июля было арестовано 373 человека, до 19 июля было арестовано 504 человека, в том числе «158 членов Национального союза, 31 последователь Вольдемараса, семь христианских демократов, восемь членов Союза стрелков, четыре члена популистского крестьянского союза, 148 польских офицеров и лиц, участвовавших в в польских контрреволюционных организациях 12 членов [Российской] Белой армии, 17 агентов политической полиции, 14 троцкистов, семь агентов иностранных разведок и 73 других контрреволюционных элемента». Акция проходила под контролем Лаврентия Берии, который проинформировал об этом Сталина и Молотова. Аресты не преследовали цели ликвидации каких-либо тайных организаций. Это было подтверждено отчетами Департамента государственной безопасности, который перешел к коммунистам. «До сих пор у нас нет никакой информации о том, что формировалась какая-либо тайная организация правого толка, у которой хватило бы смелости бороться против нынешнего правительства», — заявил Снечкус в своем отчете от 13 июля 1940 года.
Законы Советской России, хотя они еще не были официально введены в Литве, применялись к гражданам Литвы. А именно, статья № 58 уголовного кодекса России предоставляла возможность судить каждого игрока из независимого списка за «антисоветскую деятельность», поскольку предполагаемая вина могла быть связана с его ранее выполняемыми обязанностями. Такова была советская точка зрения с самых первых арестов. Арестованные были немедленно объявлены находящимися за пределами закона и началась конфискация их имущества. Большинство арестованных были литовскими общественными активистами: руководители и члены бывших организаций, редакторы и журналисты запрещенных газет, бывшие министры, военные офицеры и другие. 17 июля 1940 года Антанас Меркис и Юозас Урбшис, вместе со своими семьями, были депортированы в СССР (соответственно в Саратов и Тамбов). 23 июля сотрудник НКВД Харитонов доставил в тюрьму на Лубянке 11 арестованных: бывших министров внутренних дел Казиса Скучаса, Юлиуса Чапликаса и Сильвестраса Леонаса, бывших директоров Департамента государственной безопасности Йонаса Статкуса и Августинас Повилайтис, бывший сотрудник полиции безопасности Павлас Лашас-Спиридоновас, бывший премьер-министр Польши Александр Пристор, окружной начальник государственной полиции безопасности и криминальной деятельности Йонас Казлаускас и бывшие сотрудники разведки Костас Далкснис, Петрас Кирлис и Юозас Матусайтис. До конца августа 1940 года было арестовано 1313 человек, а до конца того же года — еще 1472.
Уже в июле 1940 года был начат учет «антисоветских элементов»: составлялись списки лиц, подлежащих аресту. 3 сентября были возбуждены дела в отношении 15 литовских организаций, шести еврейских организаций (Общество Авраама Мапу, Kneses Israel, сионистское молодежное движение «Гордония» и другие), одной немецкой организации (Евангелическо-миссионерское общество) и одной российской организации (Союз русских граждан Литвы). Другими делами, запланированными для расследования, были Союз отставных офицеров Литовской армии, герцогиня Бируте Женское общество офицерских семей, Литовский национальный союз, Литовский католический союз и другие организации. В списке лиц, которые должны быть арестованы, все литовские полицейские, судьи, прокуроры, выдающиеся государственные деятели, главы районов, все офицеры 2-го отдела Объединенного штаба армии Литвы, лидеры Национального союза и организации «Молодая Литва», журналисты прессы Национального союза и «Молодой Литвы», члены студенческих корпораций («Нео-Литва», «Lietuva», «Vilnija», «Romuva» и другие), офицеры в отставке и главы Союза предпринимателей, Палаты труда и Профсоюза стрелков были включены. 28 ноября 1940 года Народный комиссар внутренних дел Александрас Гузявичюс, выполняя директиву Народного комиссара внутренних дел СССР Берии от 11 октября 1939 года, приказал зарегистрировать всех антисоветских и «социально чуждых элементов»: начиная с членов Национального союза и последователей Вольдемарас и заканчивая поклонниками языка эсперанто и филателистами (советы с подозрением относились ко всем, у кого были какие-либо контакты за границей) — всего было упомянуто 63 категории людей. Заранее планировалось зарегистрировать 320 000 членов бывших политических партий и организаций: 16 000 членов Национального союза, 80 000-100 000 членов Союза стрелков, 38 000-40 000 членов «Молодой Литвы», 2000 последователей Вольдемараса, и 160 000 членов различных католических организаций.