С 1948 года заключенные, которые уже отбыли полный срок тюремного заключения («националисты, члены антисоветских организаций, лица, представляющие опасность из-за своих антисоветских связей и враждебной деятельности, и другие»), были вынуждены жить в условиях депортации под наблюдением МГБ (на Колыме, в Новосибирской и Красноярской областях, в 50 километрах к северу от Транссибирской магистрали, в части центрального Казахстана). Только 482 бывших заключенных, или 14 процентов всех заключенных, вернулись в Литву, 849 заключенных (24,7 процента) умерли в трудовых лагерях, судьба остальных неизвестна. По данным НКВД, на момент начала войны в Литве насчитывалось 3336 заключенных, около 400 из них были убиты в начале войны.
Депортации в июне
Депортации семей в отдаленные регионы севера России и Сибири занимали особое место в системе большевистского террора. Литовцы также были депортированы со своей родины в 19 веке, но депортации, проводимые царской Россией, не были столь массовыми и жестокими (женщин и детей не разлучали со своими мужьями). С осени 1940 года начали составляться списки «врагов народа». От 16 мая 1941 г. AUCP[B] ЦК и УПК СССР приняли секретное решение «О выселении социально чуждого элемента из прибалтийских республик, западной Украины, западной Белоруссии и Молдовы». Нарком внутренних дел СССР Берия был назначен старшим исполнителем этой акции. 23 мая, выполняя директиву Москвы, ЛССР Нарком государственной безопасности подписал секретный приказ о создании центрального штаба в составе семи высокопоставленных сотрудников НКГБ и двух высокопоставленных сотрудников НКВД для подготовки и проведения операции по депортации. В штат штаба не входили сотрудники местной службы безопасности. В течение первых двух недель центральный штаб возглавлял заместитель наркома государственной безопасности ЛССР Давид Быков, а позже — Петр Гладков. Для руководства операцией по депортации были сформированы окружные штабы (оперативные тройки) из 77 сотрудников НКГБ и НКВД. Три четверти из них были чекистами, присланными из России.
Ранним утром 14 июня 1941 года началась массовая депортация жителей Литвы, которая продолжалась четыре дня. Сотрудники НКГБ и НКВД, а также милиция (советская милиция) проводили его, в то время как местные партийно-советские активисты, особенно комсомольцы, помогали им. Около 17 600 жителей Литвы были депортированы в Автономную Республику Коми и регионы Алтай, Красноярск и Новосибирск. Около 3000 мужчин были разлучены со своими семьями и отправлены в качестве заключенных в трудовые лагеря. Кстати, осенью 1941 г. Снечкус написал в отчете Центральному комитету ВКП(б), что в начале войны депортация «контрреволюционных элементов» еще не была завершена.
Все социальные слои населения Литвы были включены в списки на депортацию, хотя интеллектуалы пострадали больше всего. Среди тех, кто был депортирован в трудовые лагеря и ссылку в северных и восточных регионах СССР, был бывший президент Литвы Александрас Стульгинскис, бывший председатель Сейма Константинас Шакенис, бывший премьер-министр Пранас Довидайтис, бывшие министры Вольдемарас Чарнецкис, Йонас Масилюнас, Юозас Папечкис, Йокубас Станишаускис, Йонас Суткус, Стасис Шилингас и Юозас Тонкунас, писатели Витаутас Бичюнас и Аугустинас Грициус, сотрудники СМИ и журналисты Казис Дауса, Валентинас Густайнис и Балис Жигелис, ученые Изидорус Тамошайтис и Винцас Вилкайтис и другие. Среди жертв советского террора было почти 1200 учителей и 79 священников. Этнические литовцы составляли 71,6% всех депортированных, в то время как евреи — 12,5%, поляки — 11,4%, русские — 1,1% и т.д.
Убийства солдат и мирных жителей
Об убийствах мирных жителей, совершенных в Литве 22-27 июня 1941 года, стало известно почти сразу. Процесс эксгумации и опознания сразу привлек внимание общественности. Немецкое оккупационное правительство использовало это в своих антисемитских пропагандистских кампаниях.