В начале девяностых все самые смелые идеи Кауфмана игнорировались, так что он успел к этому привыкнуть. Он писал сценарии для провальных ситкомов, часть из которых едва протянула один сезон («Беда одна не ходит» и «Нед и Стейси»). Кауфману не нравилось телевидение, и свое раздражение он иногда направлял в сценарии. В 1993 году, работая на сериале «Проблемы с Ларри» с Бронсоном Пинчотом, он предложил абсурдный сюжет: герой разбивает миниатюрную мумию, которая принадлежит его соседу, и решает подменить ее обезьянкой-канатоходцем в гипсе. То, что идея была абсолютной чушью, для Кауфмана отчасти и составляло ее достоинство. «По сути я говорил: формат – херня собачья, давайте сделаем с ним что-нибудь смешное». (Серия не была снята.)
В свободное от телевидения время Кауфман писал сценарий под названием «Быть Джоном Малковичем». Это история про нервного кукловода по имени Крэйг Шварц, который вынужден устроиться на бумажную работу в загадочную компанию, чей офис с очень низкими потолками находится на седьмом с половиной этаже манхэттенского бизнес-центра. Там Крэйг случайно обнаруживает портал, который позволяет ему на 15 минут оказаться в теле актера Джона Малковича, после чего выбрасывает на обочину автомагистрали «Нью-Джерси». Крэйг объединяется со своей амбициозной коллегой Максин (и влюбляется в нее). Они берут по 200 долларов с носа за визит в Малковича, привлекая клиентов загадочным рекламным призывом в газете: «Хотите побывать кем-то другим? Теперь это возможно».
Сценарий «Малковича» ходил по рукам с 1994 года. «Было много внимания, и всем нравилось его читать», – рассказывал Кауфман. Однако «никто не хотел его запускать». В какой-то момент сценарий попал в руки Джонса, который увидел заглавие и спросил себя – это что вообще такое? «Я подумал: прочту-ка пяток страниц, а прочел все разом и был в полном восторге, – вспоминал он. – Все считали, что это невозможно снять. Я, наверное, ничего не понимал». Кауфман, которому было под сорок, никогда не слышал о Спайке Джонсе. «Я не следил за тусовкой MTV», – говорил он.
Еще год они вдвоем переделывали сценарий – в частности, убрали первый вариант концовки, в котором Крэйг, в числе прочего, устраивал кукловодческую дуэль с дьяволом. «Малкович» вскоре оказался у Single Cell Pictures – кинокомпании, основанной при участии певца Майкла Стайпа из R.E.M., – которая никак не могла найти студию, готовую поддержать проект. В какой-то момент Стайп и его партнер по компании Сэнди Штерн встречались с директором New Line Cinema Робертом Шэем. Тот сразу же обратил внимание на одно из самых сложных обстоятельств, связанных с проектом. «Шэй повернулся ко мне и спросил: «„Быть Джоном Малковичем“? А почему бы, блядь, не „Быть Томом Крузом“?» – вспоминал Стерн.
Малковичу в тот момент было за сорок, и его имя было не из тех, которые пишут над названием фильма на афише, а уж тем более
Джонс и Кауфман были уверены, что «Быть Джоном Малковичем» можно снять только с самим Малковичем. Никакой другой актер не обладал этим не поддающимся определению свойством – малковичностью. «Мы так и не придумали запасной вариант, – говорил Джонс. – Всякий раз приходили к тому, что это должен быть Джон». У самого актера сценарий оказался в руках перед долгим перелетом из Калифорнии в Европу. Потом он говорил, что текст Кауфмана ему понравился, но «и в мыслях не было, что кому-то хватит дури действительно снять это кино». Фрэнсису Форду Копполе пришлось лично звонить Малковичу, чтобы убедить его дать шанс Спайку Джонсу – будущему зятю Копполы. «Фрэнсис сказал: „Через десять лет мы все будем работать на этого парня“», – вспоминал актер.