Почти сразу же после своего возвращения из-за границы Ломоносов оказался в самой гуще борьбы. Именно в это время работавший в академии выдающийся русский машиностроитель А. К. Нартов подал в Сенат жалобу. К жалобе Нартова присоединились русские студенты, переводчики и канцеляристы, а также астроном Делиль. Смысл и цели их жалобы совершенно ясны — уничтожение господства реакционной клики и превращение Академии Наук в русскую не только по названию. На помощь академической клике пришла придворная. Во главе комиссии, созданной Сенатом для расследования обвинений, оказался князь Юсупов, незадолго до этого в таких выражениях писавший Бирону: «Припадая к Высочайшим стопам Вашей Высококняжеской Светлости, рабственно ноги целую и прославлять Высочайшее имя Вашей Высококняжеской Светлости и милость до смерти не престану»[164]
. Этому сиятельному лакею «писал за Шумахера сильный тогда при дворе человек иностранный» — Лесток. Этого было достаточно. Комиссия увидела в выступлении А. Нартова, И. В. Горлицкого, Д. Грекова, П. Шишкарева, В. Носова, А. Полякова, М. Коврина, Лебедева и др. не смелое выступление патриотов за честь и достоинство русского народа, а бунт «черни», поднявшейся против начальства. В литературе много писалось о неумелых действиях доносителей, об их ошибках и т. д. Но заслуживает внимания не это, а то, с каким мужеством и достоинством они отстаивали правоту своих обвинений. Мы доказали обвинение по первым 8 пунктам и докажем по остальным 30, если получим доступ к делам[165], — писали они в Сенат. Но они ничего не могли доказать, так как за «упорство» и «оскорбление комиссии» были арестованы. Ряд из них (И. В. Горлицкий, А. Поляков и др.) были закованы в кандалы и «посажены на цепь». Около двух лет пробыли они в таком положении, но их так и не смогли заставить отказаться от показаний. Решение комиссии было поистине чудовищным: Шумахера и Тауберта наградить, Горлицкого казнить, Грекова, Полякова, Носова жестоко наказать плетьми и сослать в Сибирь, Попова, Шишкарева и других оставить под арестом до решения дела будущим президентом академии.Формально Ломоносов не был среди подавших жалобу на Шумахера, но все его поведение в период следствия показывает, что Миллер едва ли ошибался, когда утверждал: «господин адъюнкт Ломоносов был одним из тех, кто подавал жалобу на г-на советника Шумахера, и вызвал тем назначение следственной комиссии»[166]
. Недалек был, вероятно, от истины и Ламанский, утверждающий, что заявление Нартова было написано большей частью Ломоносовым[167].