Согласно косвенным свидетельствам турок–месхетинцев (репрессированных и этапированных сталинским режимом из Грузии на территорию Средней Азии, в частности в Ферганскую долину, в 1944 г.), пострадавших во время событий 1989 г., их община специализировалась на контроле всей инфраструктуры, связанной с наркотрафиком и представляла собою не социальный слой, а строго закрытую «производственную группу». Ее материальное положение выгодно отличалось от имущественного состояния других жителей долины. А в Афганистане сама жизнь племенной верхушки, вооруженных формирований и даже рядовых земледелъцев–декхан непосредственно зависит от наркоторговли, контролируемой преимущественно исламистскими группами.
Ислам, несмотря на продолжительный период его притеснений в советское время, прочно закрепился в менталитете местных этносов, олицетворяя собою тысячелетнюю культурную и государственно–политическую традицию. При отсутствии демократической оппозиции и независимой печати, слабого распространения национально–демократических идей именно мечеть аккумулирует массовое общественное недовольство. При этом активизация ислама создала значительную угрозу интересам партийно–номенклатурной элиты, воспитанной в духе советского атеизма. Ее непродуманные и избыточно жестокие меры, примером чего является расстрел демонстрации гражданского населения в Андижане (Ферганская долина) в мае 2005 г. и тотальные репрессии узбекских властей против оппозиционо настроенных граждан, не скрывающих своей мусульманской идентичности, лишь способствуют росту исламистских антиправительственных настроений.
Наиболее острая ситуация на рубеже 80–90‑х гг. XX в. сложилась в Таджикистане, где в советское время национально консолидированное общество так и не сформировалось, а границы страны, учитывая способ их образования, остаются довольно искусственными. В 20‑х гг. всех, кто говорил на фарси, определяли как таджиков, хотя представляется очевидным, что такой способ определения этнической идентичности весьма сомнителен. Центры таких очагов фарсиязычной культуры, как Самарканд и Бухара, окруженные узбекскими поселениями, в течение последнего тысячелетия (после падения государства Саманидов) находились под управлением тюркских династий. В условиях нарастания антибольшевистских восстаний, с целью расщепления сил сопротивления, в 1924 г. территория компактного проживания фарсиязычного населения была выделена в автономную республику Таджикистан в составе Узбекистана. Лишь в 1929 г., когда басмаческое движение пошло на убыль, он получил статус союзной республики.
Таджикистан был беднейшей республикой СССР, субсидированной больше чем на 40% (1991 г.) в условиях большого торгового дефицита (в 1989–1990 гг. преимущество импорта из других республик региона над экспортом составляло 50%). Потеря дотаций из Центра после распада СССР заставила посткоммунистическое правительство республики искать новые источники поддержки, в частности, в местном регионализме, патриархальноклановых связях и т. п.
Детонатором к развертыванию конфликта в Таджикистане послужили два взаимосвязанных события: распад СССР в августе 1991 г. и крах правительства Наджибуллы в Афганистане в апреле 1992 г. Первое привело к почти полной политической дезориентации правящих кругов страны, а второе, обусловив обострение гражданской войны в Афганистане, усилило напряженность на южных границах Таджикистана.
В 1991 г. консервативные лидеры страны не колеблясь поддержали попытку государственного переворота 19 августа, но после его краха, 9 сентября 1991 г., провозгласили независимость. В конце 1991 г. Таджикистан присоединился к СНГ, в январе 1992 г. — к ОБСЕ, в марте 1992 г. вступил в ООН.
Таджикистан получил независимость, не имея четкой национальной идентичности, надлежащей экономической и налоговой базы, надежных структур национальной безопасности. При таких условиях ликвидация советско–коммунистической системы и противоречивые попытки демократизации страны привели лишь к разрушению социальных учреждений и росту опасности для жизни населения, вынужденного прибегать к самообороне. Последнее способствовало разгоранию вооруженной борьбы между территориально–кланово–субэтническими группами.
Противостояние партийно–номенклатурной элиты и политиков «новой волны», вообще характерное для постсоветского пространства, в условиях Таджикистана (при отсутствии должного уровня политической культуры) привело к затяжной гражданской войне. Идеи исламского радикализма сделали ее особенно жестокой. Ситуация осложнялась вмешательством Москвы и Ташкента. Россия стремилась сохранить контроль над военными и военно–космическими объектами в Таджикистане, его урановыми и золотосодержащими рудниками, а также мощным алюминиевым комбинатом. Для Узбекистана целостность и стабильность Таджикистана является чрезвычайно важной, ввиду возможности бегства на его территорию таджикских узбеков, а значит, усиления там исламистских настроений.