Во время Синьхайской революции в Китае (1911–1913) одновременно с обособлением от Пекина Внешней Монголии и Тибета начались уйгурские волнения в Восточном Туркестане. Но китайцам удалось удержать его под своим контролем и после падения династии Цин. Внутренняя борьба в Китае привела к новой революции 1925–1927 гг. Ее базой стал Южный Китай, куда прибыли советские военные советники. СССР поддерживал повстанцев–коммунистов, а западные страны — силы гоминдана, лидер которого Чан Кайши в 1927 г. подавил леворадикальное движение. Следствием этого стало установление в Синьцзяне еще более жесткого китайского режима Цзинь Шуженя (в 1928 г.).
Национально–религиозные притеснения со стороны китайских военных, как и надежда обрести независимость в условиях общего развала Китайского государства, привели в 1931 г. к ряду уйгурско–мусульманских восстаний. В апреле 1933 г. в городе Урумчи (центре провинции) к власти пришло коалиционное местное правительство во главе с китайским авантюристом Шен Шицаем, который избрал курс на либерализацию и установление этнического равноправия. В это время в самом Китае ситуация радикально изменялась. Под ударами гоминдановских войск падали советские районы, и коммунистические силы в 1934 г. были вынуждены начать отступление на северо–запад, где в 1936 г. на стыке провинций Шеньси и Ганьсу ими было создано минигосударство, в котором с 1935 г. ведущую роль начинает играть Мао Цзедун.
Синьцзян–Уйгурия таким образом оказалась в окружении коммунистических сил — СССР, Монголии и китайских красных. Понятно, что в создавшейся ситуации местное синьцзян–уйгурское правительство проводило если не прокоммунистическую, то, по крайней мере, в значительной степени ориентированную на СССР политику, развивало с ним экономические и культурные связи. Советское влияние росло и в контролируемых китайскими коммунистами провинциях Шеньси и Ганьсу — т. наз. особом районе Китая.
Однако в 1941 г., когда СССР был поглощен войной с Германией, а гоминдановские силы, отступая под давлением японцев, окружали коммунистические районы, политика Шен Шицая приобрела откровенно гоминдановское направление. Это обострило ситуацию в Синьцзяне, тем более, что с 1943 г. советское правительство, уже уверенное в грядущей победе над Германией, снова стало уделять внимание азиатским делам. Против Шен Шицая начались выступления в районе Верхней Или, где преобладало казахское население, и на юге Синьцзяна среди мусульман–уйгуров. Предполагается, что за этими событиями стоял СССР, хотя он к тому времени и признавал правительство Чан Кайши.
В сентябре 1945 г. в северных районах Синьцзяна (Восточная Джунгария) власть прогоминдановских сил была упразднена, а в январе 1946 г. к власти в провинции пришло коалиционное правительство, состоявшее из представителей всех основных этнических групп и политических сил края. С окончательной победой коммунистов в Китае потребность в таком правительстве отпала, и Синьцзян–Уйгурия отошла непосредственно под юрисдикцию Пекинской власти.
На протяжении 1950‑х гг., благодаря политической стабилизации и проведению преобразований, направленных на развитие региона, в нем происходили некоторые положительные изменения. Провинция в 1955 г. была превращена в Синьцзян–Уйгурский автономный район (СУАР), с декларацией национальных прав уйгуров и других национальных меньшинств. Но с провозглашением Мао Цзедуном курса «большого скачка» и тем более во время «культурной революции» 60‑х гг. здесь усиливаются репрессии против уйгурской интеллигенции, зачастую переходившие в кровавые погромы и резню некитайцев. Поэтому уйгурское, казахское и прочее тюркоязычное население искало спасения, переходя советскую границу, что вызвало напряженность в советско–китайских взаимоотношениях. Вместе с тем, из основных районов Китая в Синьцзян–Уйгурию направлялись китайские переселенцы, в том числе ссыльные, сначала жертвы «культурной революции», а потом и ее активисты — бывшие хунвейбины.
Провозглашение независимости странами постсоветской Центральной Азии обеспокоило Пекин, остерегающийся возможности распространения подобных процессов на Синьцзян. В частности, уйгурские национальные активисты выдвинули лозунг улучшения социально–бытовых условий жизни населения, причем в ходе разворачивавшейся «всенародной» борьбы за лучшую жизнь стали выдвигаться и политические требования, в том числе и о предоставлении независимости. В связи с этим деятельность таких организаций, как «Восточный Туркестан», вызвало повышенную тревогу китайских властей.