Сцены, которыми открывается история, сразу погружают нас сюда. Космический корабль Защитных Сил Земли (изменённое название послевоенных японских Самозащитных Сил) встречается с ошеломляющими сложностями. Командир приказывает покинуть корабль. Только капитан отказывается со словами: «Мой долг бороться — или умереть», заявляя, «что ему было бы слишком стыдно встретить смерть иначе». Когда корабль разрушен, командир флотилии говорит, что такое самопожертвование бессмысленно, лучше «смириться сегодня со стыдом» в надежде на лучшее будущее. «Вот каким должен быть человек»,— заключает он.
Эта короткая сцена является острой критикой японской военной полиции во время Тихоокеанской войны. Когда японские военные силы столкнулись с серией поражений после 1943 года, они стали печально известны своей тенденцией бороться до последнего человека, в прямом смысле этого слова. Однако каким бы клише это ни прозвучало, их девизом действительно стали слова «победа или смерть». Многие доклады говорят об отказах капитулировать или даже эвакуироваться с безнадёжной позиции. Один японский солдат на Филиппинах, Хиру Онода, прятался до 1974 года, веря в то, что Япония всё ещё сражается. Он отказывался капитулировать, пока его командир, выживший в войне, лично не приказал ему отменить боевую готовность.
Несколько японских солдат были посажены в тюрьму — обстоятельство, считавшееся непереносимым позором. Были даже случаи, когда попавших в плен японских солдат заставляли убить себя, после того как им удавалось сбежать и вернуться в строй. По контрасту с американскими солдатами, которым удавалось сделать это и которые после этого были в большом почёте. Разница в отношении к сдавшимся и попавшим в плен вела к бесчеловечному отношению к попавшим в плен американским солдатам и союзникам со стороны японцев. Режиссер Лкира Куросава критикует эту политику в своем классическом фильме «Семь самураев», когда один из самураев ругает крестьянина за плохое обращение с захваченным в плен бандитом. Были ужасающие примеры массовых самоубийств даже среди гражданского населения, как случилось, когда американские военные силы захватили японский остров Сайпан в 1944 году. Таким образом, когда в «Космическом корабле „Ямато“» изображают тщетность самопожертвования и импульсивной храбрости, это является серьёзным порицанием действий японцев во время Тихоокеанской войны.
Кажется маловероятным, что издатели сериала умышленно намеревались пересмотреть мораль Тихоокеанской войны. Более вероятно, что они просто пытались дать своим персонажам убедительные принципы и мотивы, с которыми их аудитория могла бы себя идентифицировать. Но, однако, даже непреднамеренно они успешно представили многие темы и концепции, которые стали резким моральным комментарием. Настоящий исторический «Ямато» появляется в начале сериала — в эпизодах, рассказывающих о прошедших событиях. Шли последние месяцы войны, и Япония уже не надеялась на победу. Невзирая ни на что, «Ямато» был послан против огромных сил американцев с запасом горючего, недостаточным даже для того, чтобы вернуться домой. Это изображение уничтожения «Ямато» является вполне исторически верным, хотя в чём-то лестным. Самопожертвование корабля изображено одновременно героическим и бессмысленным. Делая ударение на изображении героизма, аниме-версия этих событий заканчивается тем, как американский пилот отдает салют обречённому «Ямато», когда он погружается в океан. Конечно, это очень неправдоподобный момент, особенно если учесть сильную националистскую атмосферу того времени.
Такие сцены отражают тщетность, которая появляется в более поздний момент, когда капитан Окита осуждает бессмысленное самопожертвование. Есть одна важная идея, которая проходит сквозь весь сериал, но отсутствует во флэшбэке: концепция справедливой войны. Взгляды на то, что делает войну справедливой, определенно меняются, а многие пацифисты отрицают сам факт того, что какая-либо война может быть справедливой. Но одна из первых попыток обосновать теорию справедливой войны, сделанных христианским философом-теологом святым Августином, такова: он дал список основных признаков справедливой войны. К ним относятся: защита от уничтожения жертв агрессии, отсутствие какой-либо другой жизнеспособной альтернативы войне, разумная вера в то, что борьба против агрессора имеет шансы на успех, ограничение разрушений. Если принять концепцию справедливой войны правомерной, тогда космический корабль «Ямато», сражающийся против технологически более развитых инопланетян, собирающихся разрушить Землю, определённо соответствует этим признакам.