Воодушевленный Томас Сеймур бросился к своему брату-регенту, надеясь получить одобрение. Но тому совершенно не хотелось, чтобы брат женился на наследнице престола. Герцог Сомерсет «выбранил его, сказав, что никто из их семьи не рожден быть королем, поэтому не надо даже и мечтать о женитьбе на королевской дочери». «Мы должны быть благодарны Богу за наше теперешнее положение, — добавил регент, — и не замахиваться на большее. Кроме того, Мария никогда не даст согласия».
И действительно, ходили слухи, что еще до подходов к королю и регенту Томас Сеймур сделал предложение вначале Марии, а потом Елизавете и от обеих получил категорический отказ. Адмирал обиженно заметил, что единственное, чего он просил у брата, это одобрить выбор невесты, а как добиться согласия Марии, он якобы и сам знает. Услышав такое, Сомерсет вознегодовал еще сильнее, и разговор закончился тем, что отношения между братьями оказались навсегда испорченными. Через несколько месяцев Томас Сеймур тайно обвенчался со своей старой любовью, Екатериной Парр, которая все еще носила траур по Генриху.
Итак, регент начал действовать. Марию сразу же отдалили от брата и от королевского двора. Она постоянно переезжала с места на место: из Хейверина, старой резиденции Эдуарда в Эссексе, в Вонстид-Хаус, затем в Нью-Холл, после него в замок Фрамлингэм в Норфолке, располагавшийся рядом с поместьем, которое теперь обеспечивало ей скромную ренту. С Екатериной Парр Мария теперь виделась очень редко, как до ее замужества за Томасом Сеймуром, так и после, а от двора была отдалена настолько, что посол императора, Франсуа Ван дер Дельфт (Шапюи покинул Англию в 1545 году), с большим трудом организовывал с ней встречи. Его очень расстроило, что принцессу при дворе «невысоко ценят», а после смерти Генриха регент в течение нескольких дней ничего ей не написал и не нанес визита.
Когда Ван дер Дельфту в июле 1547 года наконец удалось пообщаться некоторое время с Марией, он обнаружил, что принцесса, чтя память отца, удалилась на положение полузатворницы. Примерно в это же время она написала, что «отец по-прежнему переполняет все ее воспоминания», а Ван дер Дельфту объяснила, что из почтения к памяти Генриха пока решила не участвовать в развлечениях. Для посла она сделала исключение и настояла, чтобы он с ней поужинал. Мария без колебаний доверилась преемнику Шапюи. «Она, кажется, имела ко мне полное доверие», — написал он впоследствии, и, хотя их разговор был вполне обычным, он оценил открытость Марии и отсутствие официальности. Они говорили о ее ренте, которую Ван дер Дельфт счел довольно низкой с учетом положения наследницы престола; о завещании отца, в подлинности которого она сомневалась, но, разумеется, ничего не могла доказать; о размерах ее приданого, которые были ей не известны; и, наконец, о браке Екатерины Парр с Томасом Сеймуром. Мария спросила Ван дер Дельфта, что он обо всем этом думает, и тот, произнеся несколько вежливых фраз, заметил, что ходят слухи, будто бы вначале адмирал предполагал жениться на Марии. Она рассмеялась, сказав, что «видела его всего только раз», да и то они «не обменялись ни единым словом». Было ясно, что это предположение она серьезно не воспринимает.
Адмирал же в стремлении перехитрить самого себя, видимо, перестарался. Женившись на Екатерине Парр без одобрения регента и Совета, он вызвал их серьезное неудовольствие. Затем за спиной брата принялся оказывать давление на Эдуарда. Было известно, что он пытается найти в законе прецедент, согласно которому в прошлом при малолетнем короле один его дядя правил королевством, а другой опекал лично короля. Этим он занимался примерно год и частично преуспел, зато нажил в Совете много врагов. Потом Томас попытался использовать ранг своей жены как вдовствующей королевы, но единственным результатом этих попыток стала жестокая конфронтация между Екатериной и упрямой герцогиней Сомерсет. Он интриговал против регента, который хотел женить юного короля на Марии Шотландской. Томас Сеймур приложил много усилий в стремлении выдать за Эдуарда свою кузину Джейн Грей, дочь Эдуарда Грея, которая воспитывалась в доме адмирала. Он многое еще пытался предпринять, пока не получил по заслугам: адмирала Томаса Сеймура обвинили (в значительной степени справедливо) в коррупции таких невиданных размеров, что это даже по тем временам казалось чудовищным.