После этого резкого приказания не осталось и тени сомнения в том, что Мария являлась узницей. 10 января Елизавета написала представителям шотландской стороны: «До сих пор против них (представителей Морея. —
Когда Мария начала осознавать всю серьезность своего положения, ее поведение изменилось. Филипп II Испанский вновь сделал ей предложение от имени дона Хуана Австрийского, однако Мария ответила, что, поскольку ее судьба находится в руках Елизаветы, она не может заключать подобные соглашения. Несмотря на это, в своем письме Елизавете от 22 января Мария не сделала ни одной уступки и не предложила никакого выхода, но лишь неразумно порицала английскую королеву за ее поведение по отношению к ней. Елизавета не приняла ее, ей не показали копии «писем из ларца», а позволив Морею вернуться в Шотландию после небольшой выволочки, она фактически приняла решение в его пользу и осудила Марию. Кроме того, было множество «мелких грубостей»: Мария не получала известий от своих французских родственников и была лишена возможности получать новости из Шотландии. В ее письме не было больше ни радостной надежды на то, что личная встреча королев все исправит, ни высокомерия Гизов, с которым она раньше требовала обращения, подобающего ее статусу. Теперь Мария говорила умоляющим тоном арестанта, просящего о милости.
Елизавета, с другой стороны, с обычной деловитостью расчистила себе путь. Сообщения о том, что Яков прибудет в Англию, что Эдинбург, Стирлинг и Дамбартон примут английские гарнизоны, а Морей будет объявлен законнорожденным и наследует Шотландию в случае смерти Якова, были объявлены совершенно не соответствующими действительности. Мария не предстала перед судом, но в глазах общественного мнения была признана виновной на основании сомнительных улик и тайных слухов. Теперь Елизавета переместила ее в более безопасное и удобное место. И по крайней мере, на время могла забыть о своей беспокойной шотландской кузине.
Перемещение Марии в Татбери должно было быть несложным. Сесил получил от графа Сассекса описание предполагаемого маршрута: из Болтона в Рипон (шестнадцать миль), из Рипона в Уэзерби (десять миль), потом из Помфрета (Понтефракта) в Ротерхэм (шестнадцать миль) и так далее короткими перегонами вплоть до Татбери. Поскольку дом в Татбери тогда не был полностью обставлен, предполагалось, что Мария поселится сначала в доме Шрусбери в Шеффилде. Все, однако, запуталось, когда хозяйка обоих поместий леди Шрусбери послала за мебелью для Татбери в Шеффилд, и в то время как Марию утром 26 января 1569 года вынудили покинуть Болтон, в поместьях царил организационный хаос. Пленница задержалась на несколько дней из-за плохой погоды и нездоровья, но теперь ее свита должна была пуститься в дорогу. Для Марии и ее свиты наняли шестнадцать лошадей, еще шестнадцать предназначались для ее охраны, тридцать две — для слуг, а также шесть повозок для багажа и восемь тягловых лошадей. Пар от дыхания лошадей стоял в морозном воздухе, когда Мария наконец вышла из дверей, закутанная в теплые одежды, и неуклюжая процессия двинулась сквозь сугробы, прибыв в Рипон поздно вечером.
В Рипоне Марию встретил сэр Роберт Мелвилл с инструкциями обсудить возможность ее брака с Норфолком. Поскольку одним из главных опасений Морея было то, что, оставшись на свободе в Шотландии, она может выйти замуж за иностранного принца, идею брака с Норфолком следовало поощрить. Учитывая дурное настроение и крайнюю усталость Марии, неудивительно, что обсуждение ни к чему не привело, хотя она нашла время написать Елизавете, жалуясь на принудительное перемещение из Болтона и отрицая подлинность «писем из ларца». Мария сообщила Елизавете, что написала длинное оправдательное письмо Сесилу, но она избавит «добрую сестру и королеву» от необходимости его читать. Ведь Сесил, несомненно, уже передал все его важные положения королеве.