После переселения Берия попросил Сталина (письмо от 10 января 1940 г.) о передаче части спецпоселенцев-осадников Наркомцвету СССР на работы по добыче меди и золота. Расселили поляков в изолированный поселках НКВД в тринадцати областях СССР.
Но на этом работа Сталина и госбезопасности с поляками в СССР не закончилась. Уже в апреле 1940 года в Казахстан на поселение отправили 27 тысяч бывших польских граждан, большая часть которых относилась к семьям офицеров, интеллигенции и служащих, расстрелянных под Катынью. В июне НКВД вновь высылает еще почти 23 тысячи поляков. Наконец, в июле того же года специальные части НКВД отправили в Красноярский край и Казахстан более 22 тысяч польских граждан, многие из которых постоянно жили в западных районах Польской республики, но бежали от наступавших немецких войск и временно проживали на отошедших к СССР территориях.
Большую операцию по выявлению «шпионов и контрреволюционеров» НКВД под руководством Берии провело буквально перед войной в 1941 году. В Прибалтике, в западных землях Белоруссии и Украины и Молдавии чекисты собрали порядка 19 тысяч человек для отправки в ГУЛАГ, а 87 тысяч – на спецпоселение. Тем, кого осудили Особым совещанием при НКВД СССР, давали по 5–8 лет лагерей с последующей ссылкой в отдаленные местности на 20 лет. Остальных отправляли на 20 лет в основном в Казахстан, Коми и Красноярский край. Всего в 1939–1941 годах в западных районах СССР репрессиям подверглось более 400 тысяч мирных граждан, что составляет около 3 % от общего числа местных жителей.
Тяжелым преступлением режима явился массовый расстрел пленных офицеров польской армии в Катынском лесу в Смоленской области, проведенный сотрудниками НКВД в апреле – мае 1940 года. Общее число расстрелянных здесь польских граждан – 4421 человек. Но нужно помнить, что в то же время расстрелы польских офицеров, представителей интеллигенции и государственных служащих происходили в разных тюрьмах СССР, и общее число убитых – 21 857 человек. Общее число пленных поляков составляло цифру 41 700.
Решение об уничтожении польских военнопленных Сталин принял зимой 1940 года, поручив провести это масштабное дело Л. П. Берии. Где-то в начале марта Берия составляет докладную секретную записку № 794/Б на имя Сталина: