Перечисляя свои заслуги на посту военного министра, Бернадот не забывает упомянуть знаменитую победу Массена под Цюрихом (26 сентября 1799 г.). По его мнению, в успех Массена в Швейцарии он внес свою лепту, так как маневры Рейнской армии, предпринятые по распоряжению военного министра, отвлекли оттуда войска эрцгерцога Карла, подготовив условия для победы под Цюрихом{41}.
Что же касается участия Бернадота в обеспечении спокойствия и порядка в самой Франции, то здесь роль военного министра была куда менее значимой. «Войска внутри страны постоянно находились в движении; они двигались к местам, где их присутствие было необходимо для восстановления порядка или для внушения уважения к республиканскому правительству. Но так как эти войска были слишком малочисленны для того, — вспоминал Бернадот, — чтобы я мог удовлетворить все требования, с которыми ко мне обращались генералы и установленные власти, то я старался возместить это вымышленными движениями (притворными), а равно и приготовлениями и распоряжениями явными, которые могли дать повод предполагать близкое прибытие значительной вооруженной силы на пункты, совершенно лишенные таковой в данный момент»{42}.
В целом Бернадоту удалось на его новом посту переломить сложившуюся к лету 1799 г. неблагоприятную для Республики военную ситуацию. Он успешно справился с возложенными на него задачами. Однако, несмотря на обнадеживающие результаты, а может быть, вследствие их, Жан Батист не задержался в министерском кресле. Придя в министерство 2 июля 1799 г., он уже 14 сентября подал в отставку, пробыв в должности военного министра всего лишь два с половиной месяца. Большинство биографов Бернадота связывают его уход с должности военного министра Республики с интригами, раздиравшими Директорию осенью 1799 г. Один из директоров, Сийес, выработал план государственного переворота с целью низвержения Директории и установления нового, более прочного государственного порядка; другой директор, Баррас, тайно интриговал с Бурбонами, намереваясь за сходную цену предать Республику, посодействовав восстановлению монархии. Три оставшихся члена правительства: Гойе, Мулен и Роже Дюко — представляли собой с трудом поддающиеся оценке политические величины. Вечно враждовавший с Директорией Законодательный корпус являлся не большим гарантом стабильности, чем правительство. Наилучшим выходом из того топкого болота интриг и подковерных «баталий», которое представляли в тот момент правительственные сферы, Бернадот счел свою отставку. Правда, не исключено, что прошение об отставке, которое он подал Директории, было не более чем тактическим ходом. Возможно, Жан Батист надеялся, что его будут уговаривать остаться на своем посту. Если Бернадот в самом деле думал об этом, он просчитался… Его отставка была принята. Портфель военного министра получил Дюбуа-Крансе.
Отставка превратила Бернадота, по словам одного из его биографов, в «сущее ничтожество»{43}. Тем временем государственный переворот — «детище» директора Сийеса — стал обретать реальные очертания. Бежавший из Египта генерал Бонапарт высадился 9 октября 1799 г. на юге Франции, в бухте Фрежюс.