Но не оставила, как повествует далее легенда, Божия Матерь своим попечением Боголюба — выкупили его послы русские. Вновь пришел он на берега Тускари. Отыскал половинки разрубленной иконы, сложил вместе — те и срослись, словно и не были врозь. Оставив иконку под деревом возле источника, поспешил Боголюб в Рыльск, чтобы поведать рылянам о новом чуде, сотворенном у него на глазах иконкой.
Поверили рыляне священнику. И, посоветовавшись, решили перенести чудодейственную икону в рыльский храм: жаль было оставлять ее под открытым небом на потеху ветрам, дождям, снегам, морозам. Но не успели рыляне установить ее в храме, как она вновь оказалась в лесу на своем месте. И так несколько раз: рыляне ее — во храм, она — на берег Тускари, рыляне — во храм, она — на берег Тускари.
«Видно, ей дано быть там, где она есть», — пришли к выводу рыляне и построили новую часовню на берегу Тускари. Лучше прежней.
В царствование Ивана Васильевича Грозного об иконе этой знали, но о чудесах, совершаемых ею, слухов что-то не было. По-видимому, вполне хватало тех «чудес», которые создавал с избытком сам Грозный.
В 1597 году в царствование Федора Иоановича, сына Ивана Грозного, икона Знамения Божией Матери была перевезена в Москву, где обрела новый оклад из серебра и золота, украшенный драгоценными каменьями. Царица Ирина с благословения патриарха Иова собственноручно изготовила для иконы богато украшенную ризу из красного атласа.
В это же время, по-видимому, московские иконописцы сняли с иконы несколько списков-копий, один из которых, как сообщают некоторые источники, позднее находился у князя Дмитрия Пожарского — полководца и освободителя земли Русской от иноземных захватчиков.
Сама же икона вновь была возвращена в часовню на берегу Тускари. А на пожертвования царя Федора и царицы Ирины в месте обитания иконы была основана Коренная Пустынь, в которой находились два главных храма: в честь Рождества Богородицы и Живоносного Источника, возведенного русскими зодчими над целебным источником.
В 1599 году по указанию царя Бориса Годунова, из-за приближения крымских татар, уже напавших на Белгород, икона с берегов Тускари была перевезена в Курск, в церковь Воскресения, и поставлена там в пределе Рождества Богородицы. Перед самой кончиной Годунова началась на Руси Великая Смута — порождение злого умысла русского боярства. Боярами-изменниками, приверженцами Лжедмитрия I был убит сын Бориса — Федор, процарствовавший всего лишь месяц после смерти своего родителя. Набежали самозванцы, нахлынули завоеватели-иностранцы — поляки, литовцы, шведы. Пошел брат на брата.
Прослышав о чудодейственной иконе, еще в 1604 году потребовал ее себе Лжедмитрий I — главный самозванец и зачинщик смуты, находившийся с войсками в отдавшемся ему Путивле. Икону Лжедмитрию дали, и какое-то время она находилась в Путивле и даже в Москве, но Пресвятая Богоматерь ему не помогла. Как известно, в 1606 году самозванец монах-расстрига Гришка Отрепьев, присвоивший себе имя царевича Дмитрия Иоановича и приведший на Русь поляков, был убит, труп его сожжен, а пепел заряжен в пушку и выстрелен в сторону Польши — туда, откуда прибыл. Да, видно, стрельнули плохо — Великая Смута продолжалась!
В 1611 году крымские и ногайские татары сожгли Коренную Пустынь. Однако икона не пострадала, так как находилась в Москве. В 1612 году поляки осадили Курск, но взять его не смогли. На защиту города-крепости встали все жители, которые перед этим молились Божией Матери и дали обет, что если осилят врага, то построят Рождественско-Богородицкий монастырь.
Если верить легенде, то во время осады над городом Курском появился сияющий образ Богоматери и двух монахов, в одном из которых угадывался сам Феодосий Печерский, так грозно взиравших на неприятеля, что тот — семидесятитысячное войско — оробел и в страхе бежал из-под стен города. Так это было или не так, но поляки, не взяв город, ушли, а куряне, исполняя обет, построили монастырь, получивший позднее название Знаменский. В честь Курской Коренной иконы Знамения Божией Матери, и в качестве ее зимней резиденции.
Со времен царствования Михаила Федоровича Романова икону в 1615 году возвратили в Курск. И во время Крестных ходов переносили летом в Коренную Пустынь, а 13 сентября — из Пустыни — в Курск, в Знаменский монастырь. Впрочем, наличие иконы в Знаменском монастыре не спасло его в 1631 году от пожара. Построенный из дерева, он сгорел от удара молнии. А в 1634 году вновь восстановленный Знаменский монастырь, включавший в себя Троицкую и Божедомскую обители, а также Коренную и Ильпинскую пустыни, подвергся разграблению поляками. Сами же курские Крестные ходы со временем стали столь знамениты, что подвигли художника Ивана Репина к созданию знаменитой картины «Крестный ход в Курской губернии».
С начала царствования Михаила Романова Великая смута на Руси как бы закончилась, зато других смут было немало. Впрочем, они прямого отношения к Коренной Пустыни и иконе Знамения Пресвятой Богородицы не имели. Хотя бы до поры, до времени.