По строгому приказу понтифика никакой резни не последовало. Несмотря на это обещание, некоторые напуганные жители все равно попрятались в погребах своих домов и в церквях. Микеланджело Буонарроти тоже испугался мести Медичи, ведь он строил оборонительные укрепления против них. Скульптор первым делом спрятался в колокольне маленькой церкви Сан-Никколо в районе Ольтрарно. Но потом, под покровом ночи, перебрался в подвалы семейной церкви Медичи Сан-Лоренцо. Там его приютил епископ, который тайком приносил ему еду на завтрак и обед. А по ночам через секретный ход Микеланджело шел в гости к священнику, и они вместе ужинали. Сам Буонарроти пишет о том периоде времени: «Сижу в подвалах рядом с мертвыми Медичи и наблюдаю в окошко за живыми». Алессандро и Ипполито часто проходили мимо церкви, не зная о его близком присутствии. Скульптор просидел в подвалах около двух месяцев и оставил там множество рисунков мускулистых фигур на стене. Эти фигуры похожи на те, которые появились потом на фреске «Страшный суд» в Сикстинской капелле. Две фигуры по позам похожи на статуи Лоренцо и Джулиано Медичи, которые в то время еще не были выполнены.
Наконец, пришла весть о том, что Климент VII простил Микеланджело и просит его продолжить работу над усыпальницей Медичи. После этого скульптор покинул подвалы церкви и снова взялся за работу. А его рисунки сохранились до сих пор, их реставрируют и обещают когда-нибудь открыть это помещение для туристов.
Главой Флорентийской республики папа провозгласил Алессандро Медичи, который поначалу был назначен пожизненным гонфалоньером. Но все это было как-то ненадежно, поэтому через два года Синьория была упразднена и Климент VII добился от императора герцогского титула для Алессандро, который передавался бы по наследству. Это обеспечивало твердую и официальную власть Медичи во Флоренции при поддержке Священной Римской империи. С того момента Флорентийская республика прекратила свое существование.
Перед отъездом папа Климент VII подтвердил заказ правительства на статую «Геракл и вор Какус» скульптору Баччо Бандинелли. По мифам, Какус был сыном бога Вулкана, и когда он злился, то плевался огнем. Как-то раз он украл у Геракла быков и телок из стада великана Гериона, которых тот раздобыл по приказу царя Еврисфея во время десятого подвига. Чтобы запутать следы, он связал животных за хвосты и вел их в свою пещеру задом наперед. Но Геракл разгадал хитрость вора, нашел его и убил дубинкой.
Этот заказ сначала получил Микеланджело в 1505 году от Пьетро Содерини с целью установить статую как еще один символ победы республики над тиранией Медичи. Место выбрали справа от входа в палаццо Синьории, для симметрии с Давидом. Для Микеланджело специально привезли прекрасный блок белого мрамора из Каррары, но у него так и не дошли руки до этой работы: то фреску в зале Пятисот писать надо, то Аньоло Дони со своей картиной, то папа Юлий II хочет видеть его в Риме. В 1525 году Содерини поручил эту работу Бандинелли, но потом было не до нее: изгнание Медичи, осада города, возвращение Медичи. Так блок и лежал в мастерской Бандинелли до 1530 года, пока Климент VII не подтвердил заказ. Баччо отчаянно завидовал таланту Микеланджело и хотел превзойти его в скульптуре. Вазари пишет, что однажды Бандинелли сделал слепок ключа в зал Пятисот, где стоял картон Микеланджело «Битва при Кашине», проник туда ночью и изрезал картон на куски. Самые лучшие и крупные из них он украл, а остальные растащили другие художники. Довольный, что ему удалось увести заказ у Микеланджело из-под носа, Бандинелли решил постараться на славу. На эту работу у него ушло четыре года, он уже всем похвастался, какой замечательный у него получается Геракл. Флорентийцы ждали с нетерпением, когда же увидят скульптуру.