Иоанну похоронили с почестями в капелле герцогов при церкви Сан-Лоренцо, которую задумал построить Козимо I Медичи. Но работы начались уже после его смерти по заказу Франческо I, продолжились во времена правления его брата Фердинанда и всех остальных поколений герцогов Медичи, пока не умерла последняя представительница этого рода Анна Мария Луиза. Одним из архитекторов этого пантеона был Джованни Медичи, внебрачный сын Козимо I и Элеоноры Альбицци. В честь великой герцогини Иоанны Австрийской в садах Боболи была установлена монументальная аллегорическая статуя Изобилия работы скульптора Джамболонья: женская фигура с лицом Иоанны и колосьями пшеницы в поднятой правой руке находится почти в самой верхней части сада, откуда открывается великолепный вид на парк и дворец.
Флорентийцы были недовольны тем пренебрежением, которое проявил вдовец к покойной жене. Франческо Медичи и так не был популярен в народе из-за постоянного увеличения налогов, а тут еще такое явное неуважение к усопшей герцогине. Дело в том, что когда погребальная процессия проезжала мимо дворца Бьянки – она высунулась из окна, а Франческо, проезжая мимо, салютовал ей. Очевидцы так высказались об этой сцене: «Триумф Бьянки был мелочным, непристойным и отвратительным». Впоследствии герцог отверг все предлагаемые ему партии со знатными женщинами Европы, в том числе и разумные предложения своего брата Фердинанда, которые были бы мудрыми с политической точки зрения и принесли пользу герцогству. Вместо этого он через два месяца, не соблюдая срока траура, тайно обвенчался с Бьянкой Каппелло, и она переехала во дворец Питти.
Сначала, для приличия, было объявлено, что она будет гувернанткой трех принцесс, оставшихся без матери: одиннадцатилетней Элеоноры, девятилетней Анны и трехлетней Марии. Но всем и так уже было ясно, в чем дело. Вскоре Франческо I добился от дожа Венеции присвоения Бьянке титула «почетной дочери Серениссимы», что приравнивало ее к рангу принцессы в Италии. Как только закончились сроки траура после смерти Иоанны, 12 октября 1578 года состоялось торжественное официальное бракосочетание великого герцога Франческо I Медичи и Бьянки Каппелло в базилике Сан-Лоренцо. А вскоре после свадьбы герцог официально короновал супругу как великую герцогиню Тосканскую. Это вызвало большое возмущение его брата Фердинанда, многих монархов, включая Габсбургов, и знатных семейств Европы. Герцог Мантуи разорвал помолвку своего сына с дочерью Франческо Элеонорой, герцога высмеивали во всей Италии, народ Флоренции ненавидел и Бьянку, и своего правителя. Единственный выгодный момент – союз с Венецией и окончательное примирение Бьянки со своим отцом. Все родственники Каппелло и многие знатные венецианские семьи приехали во Флоренцию на ее официальное бракосочетание и коронацию, на которые были потрачены колоссальные суммы денег.
Наконец-то мечта «колдуньи» сбылась, он стала великой герцогиней Тосканы. Свою дочь от первого брака Виргинию она выдала замуж за графа Улиссе Бентивольо, будущее «сына» Антонио было обеспечено, сама она великая герцогиня, живет в роскошном дворце, муж ее обожает. Жалко, конечно, что не ее сын наследует престол. Но и тут судьба угодила Бьянке: в 1582 году внезапно умирает пятилетний наследный принц Филиппо Медичи. Опять поползли слухи о том, что Бьянка его отравила, но ничего не доказано. Ей, конечно, была выгодна смерть маленького принца – хоть Антонио и не родной сын, но он может стать наследником престола. Бьянка при этом номинально становится матерью наследного принца, а в случае смерти мужа до совершеннолетия Антонио – его регентшей.
После смерти Филиппо герцог впал в депрессию и уехал один на виллу Пратолино, построенную по его заказу в 1581 году. Бьянка была спокойна – все ее амбиции удовлетворены, а муж потоскует какое-то время и вернется обратно к ней. Вскоре так и произошло: Франческо потосковал в одиночестве и вернулся в объятия любимой супруги. Еще раз омрачила их счастливую жизнь смерть Анны, дочери Франческо, в 1584 году.