Против других сторон Галенова учения боролись в Италии Джироламо Кардано (1501—1576), платоник Бернардино Телезио (1508—1588), Джованни Арджентерио (1513—1572), во Франции два выдающихся врача Лоран Жубер (1529—1583) и Жан Фернель (1485—1558). Жубер резко возражал против учения о загнивании соков, как причине лихорадки, Фернель в свою систему включает «солидарную» патологию и «динамистику» и ставит деятельность органов в зависимость от строения их морфологических элементов, одушевляемых теплом, носителем которого служит дух, и т.д. Все еще продолжался также спор об Аристотеле и Платоне, и среди относившихся отрицательно к Аристотелю находились носители и пионеры прогресса в естествознании и медицине, например, испанец Люи Вив (1492—1540) и француз Пьер де ла Раме (1515—1572), который так горячо вступился заГогенхейма. В 1562 г. он торжественно потребовал окончательного освобождения медицинского образования от оков схоластики; а оба они добивались новых методов исследования и признавали необходимость клинического обучения молодых врачей.
Таким образом, особое значение заняло клиническое направление в преподавании. Оно особенно связано с именем уроженца Вероны Джованни Баттиста да Монте (1498—1551), который написал «Idea doctrinae Hippocraticae», участвовал в большом издании Галена в Венеции и написал частичный комментарий к Канону Авиценны; особенное значение для потомства имеют его посмертные «Consultationes» (1556). Новые пути открывала его методическая разработка преподавания у постели больного в госпитале Сан-Франческо в Падуе, куда к нему издалека собирались слушатели. В споре о кровопусканиях он вместе с Везалием выступил на стороне Гиппократа против арабов. Прекратившееся со смертью да Монте клиническое преподавание в 1578 г. было вновь начато Одди и А. Боттони по ходатайству «Natio germanica» отдельно в женской и мужской палатах; еще раньше в 1562 г. в Ингольштадте представителям medicinae practicae было вменено в обязанность заниматься у постели больного. В Падуе клиническое учение скоро, к сожалению, выродилось в «Schola de pulsibus et urinis». Нидерландские ученики Боттони и Одди, Эвальд Шревелиус (1575—1649) и Ян ван Герне (1543—1601) вместе с сыном Отто (1577—1622), воодушевляемые учением Гиппократа, перенесли заслуживающим вечной признательности образом падуанское клиническое преподавание в Лейденский (152/153) университет в «St. Caecilia Gasthuis». В Лейдене, по-видимому благодаря Боэргаву, оно позднее нашло самую благоприятную для себя почву на долгое время.
Клиническая казуистика в этот промежуток времени находила себе место в «консилиях» или «консультациях», как, например, у Монтануса, о чем уже было упомянуто, а также в «Epistolae medicae» и «Enarrationes», или в носивших более соответствующее содержанию название «Observationes medicinales», или в сочинениях, называвшихся просто «Curationes», подобно непритязательным «Curae» салернитанского времени. Кроме уже названных, можно перечислить еще некоторых из более выдающихся авторов таких сборников клинической казуистики: преемник да-Монте в Падуе Тринкавелла (сконч. 1568 г.), Александр Массария (сконч. 1598 г.) в Виченце, Лодовико Сеттала (сконч. 1632 г.), испанцы Франциско Лопец, Андрео де Лагуна (сконч. 1560 г.), Франциско Валлес, нидерландцы Ремберт Додоенс, Иоссе ван Ломм, особено Питер Фореест, в Германии выдающийся Иоганн Крато фон Краффтгейм (1519—1586 гг.), Иоганн Шенк фон Графенберг (1530—1598 гг.) и Томас Иорданус (1540—1585 гг.) и, наконец, швейцарец Феликс Платтер; последний много занимался душевными болезнями и старался ввести более мягкую психическую терапию.
Однако, все усиливавшееся стремление к исследованию в конце 16-го и начале 17-го столетий упорно связывалось с пережитыми формами, и рядом с широко господствовавшим еще галенизмом сохранялся схоластицизм Авиценны; тому ярким примером может служить человек, которого можно с полным правом считать предвестником физического направления в медицине в 17-м столетии — Санторио Санторио (1561—1636 г.). Его имя стало известным всему миру, благодаря вступительной речи при получении медицинской профессуры в Падуе в 1612 г., в которой он, на основании десятилетних взвешиваний своей пищи и питья и экскрементов, произвел первую оценку обмена веществ у человека и пытался определить трудно уловимое количество выделения через кожу и легкие. Эта речь была перепечатана бесчисленное число раз. Важнейшие свои дальнейшие исследования, как например, об измерении температуры с помощью термоскопа (до Галилея), который почти заслуживает названия термометра, об измерении пульса с помощью «пульсилогия», об инструментах для удаления камней из пузыря и для производства парацентеза и т.д., он, подобно авторам 14-го и 15-го столетий, сообщил ученому миру в «Commentarii in (153/154) Artem medicinalem Galeni» (1612 г.) и особенно в «Primum fasciculum Libri I canonis Avicennae» (1626 г.). Так твердо еще держался схоластический обычай.