Система подвески топливного бака была спроектирована так, что ее легко можно было превратить в пилон ETC 500 IXb под 250-кг бомбу или в ETC 50 VHId под четыре 50-кг бомбы. Машины прежних серий, которые не имели подобного устройства, проходили переделку в заводских условиях. Поскольку вскоре после начала выпуска Е-7 люфтваффе приняло единую систему обозначений, так называемые Ruestzustand и Umbausatz, модификации «Эмилей» получили новые обозначения. R1 и R2 стали обозначать пилоны ETC 500 IXb и ETC SOVIIId, соответственно, R3 — пилон для дополнительного бака, U1 — бронированный маслорадиатор под двигателем, U2 — бронированный картер двигателя и водяной радиатор под крыльями, U3 — разведывательная модификация «Эмиля» с двумя фотокамерами Rb 12,5/30, a U4 — два фотопулемета BSK 16, установленных в крыльях на месте, предназначенном для пулеметов MG 17. Существовала еще одна модификация самолета, оснащенная пилоном SD-2. Такой пилон использовали в двух дивизионах (один в составе JG 52, второй в составе JG 77), летавших на Me 109E. Самолеты оборудовали пилонами в мае 1941 года, незадолго перед нападением на Советский Союз. На практике, все модификации «Эмилей», приспособленные нести бомбовую нагрузку, обозначали литерой «В».
Вероятно, в этой же системе Ruestzustand были учтены и немногочисленные «Эмили», приспособленные на роль ночных истребителей. Эти самолеты оснащались радиомаяками ЕР 6, установленными в хвостовой части фюзеляжа и закрытые обтекателем. Довольно часто, ночные истребители использовались в качестве ведущих машин в частях дневной истребительной авиации. Отдельные самолеты также оборудовали радиостанцией FuG VIIc вместо FuG Vila, что позволяло поддерживать связь с наземными станциями наведения FuG Ilia. Такие командирские самолеты можно было отличить по двойной или тройной антенне.
Но еще до того, как начался выпуск Е-7, на заводе Arado разработали версию «Эмиля», оснащенную четырьмя пулеметами MG 17 — Me 109E-5. Е-5 был создан на базе Е-1, конструкция которого была стандартизована. Но вскоре выяснилось, что люфтваффе не заинтересовано в пулеметных истребителях. Поэтому в конце мая было выпущено 29 машин Е-5 и выпуск их свернули. Подобная участь ожидала и модификацию Е-6. Всего девять самолетов Me 109E-6 выпустили с ноября 1940 по январь 1941 года. Вариант, оснащенный двигателем DB 601N получил название Me 109E-6/N.
Существовал также легкий вариант Е-7, получивший название Е-8. Me 109E-8 также оснащался пилоном для подвесного бензобака и двигателем DB 601N. Было собрано всего 60 машин Е-8 на заводах Fieseler и Arado в сентябре-октябре 1940 года.