Решение привлечь к тропической программе фирму Fieseler в Касселе приняли лишь весной 1941 года. Прототипом для новой программы стал Me 109E-7 W.Nr. 4910, который доставили на государственные испытания в Рехлин. Испытания длились очень долго и машину вернули на завод лишь в конце октября 1941 года. Однако серийного производства Me 109E/trop так и не начали, поскольку к тому времени выпуск «Эмилей» был окончательно свернут в пользу следующей модификации «мессера» — Me 109F. В конце лета 1941 года было решено создать тропический вариант «Фридриха», в результате чего нужда в тропических «Эмилях» полностью отпала. Какое-то время еще продолжалась переделка старых машин, а выпуск новых был сокращен до минимума.
Идентифицировать вариант «Эмиля» очень трудно. Еще удается различить легкий (Е-1/Е-5/Е-6/Е-8), тяжелый (Е-З/Е-4/ Е-7) и специальный (Е-2/Е-9) типы, но выделить в их составе конкретный вариант очень трудно. Например, на самолетах с DB 601N видно, что в маслорадиаторе отсутствует «поперечина». Однако эта особенность встречалась и на самолетах с DB 601A.
После того, как из конструкции самолета убрали «поперечину», машины стали оснащать новыми обтекателями винта без вентиляционного отверстия. Это немного улучшило аэродинамику самолета и позволило выжать несколько лишних километров в час. Первоначально обтекатель оставался прежний, лишь на него устанавливалась дополнительная насадка, а позднее вся деталь стала монолитной. Еще позднее появились самолеты с остроконечными колпаками и «поперечиной» в радиаторе. Это объясняется переделками при ремонте старых «Эмилей», в ходе которых машины приводились к стандарту Е-7.
Несмотря на то, что выпуск самолетов шел на шести заводах, в 1940 году собрали только на 328 истребителей больше, чем 1939 году, то есть 1868 «Эмилей» разных вариантов. После того, как в 1941 году были собраны последние серии (437 машин) общая серия почти достигла 4000 «Эмилей». Из них 253 было отправлено за границу: 44 в Испанию, 64 в Швейцарию, 73 в Югославию, 2 в Японию, 19 в Болгарию, 50 в Румынию и 1 в Советский Союз (еще 5 машин, предназначенных к отправке, было конфисковано после начала боевых действий).
Первыми иностранными заказчиками стали Турция, Югославия и Япония. С представителями всех трех государств переговоры велись уже летом 1939 года. В итоге 50 самолетов закупила Турция, 47 — Югославия и 10 — Япония. Однако Турция быстро вышла из игры, а ее место заняла Румыния. Заказ Румынии — те же 50 «Эмилей» — немецкая сторона быстро выполнить не смогла. Шел процесс перехода с «Дор» на «Эмили» в преддверии войны, и пускать на сторону самолеты не было никакой возможности. С другой стороны, не хотелось терять и иностранных заказчиков. Было предложено, что необходимые самолеты будут собраны с декабря 1939 по сентябрь 1940 года в Регенсбурге. Однако на столь растянутые сроки не согласились партнеры. В качестве нового варианта было решено удовлетворить международные заказы за счет самолетов, которые будут выпущены в Аугсбурге с января по май 1940 года. Это означало, что завод выключается на данный период из поставок самолетов для люфтваффе. И это в момент, когда Германия готовилась к открытым боевым действиям с Францией!