Последним вариантом «Эмиля» был Me 109E-9, выпуск которого начался в январе 1941 года. За месяц собрали 8 самолетов, после чего заказ на Me 109E-9/ N был аннулирован. Но производство самолетов этого типа продолжалось, поскольку в документах RLM отмечено, что весной 1941 года фирма WNF занималась выпуском Me 109E-7, E-7/Z и E-9N. Однако это были самолеты, полученные в результате переделок старых машин, а не собранные с нуля.
Me 109E-9 нес тяжелое вооружение, но предназначался для разведки. Конструкция самолета была стандартизована, то есть самолет оснащался дополнительным бензобаком и двигателем DB 601N. Кроме того, за бензобаком между 2 и 3 шпангоутом была установлена фотокамера Rb 50/30. Под камерой в фюзеляже имелся вырез без характерных для поздних модификаций обтекателей. Никаких других внешних отличительных признаков Е-9 не имел.
Несмотря на то, что Е-9 выпускался в начале 1941 года, ни одна часть люфтваффе до середины 1941 года этих самолетов не получала. Лишь 11.(Н)/14, действовавшая в Северной Африке, во второй половине получила Е-9 вместо старых Hs 126. Этот факт можно объяснить тем, что Е-9 в документах могли выступать как Е-7. Такое предположение можно сделать на основании рапорта о повреждении Me 109E-7 (W.Nr. 1299) из 4.(Н)/12, действовавшего на средиземноморском ТВД в июне 1942 года.
Большое число «Эмилей» было в 1941 году приспособлено для действий в тропических условиях. Основной моделью, переделываемой до стандарта «trop» был Е-7. Кроме того, имелось некоторое количество Е-4, один Е-8, а, позднее, и Е-9. Однако приспособить «Эмиля» для тропиков оказалось не так просто.
В ходе подготовки высадки экспедиционного корпуса в Северной Африке, выяснилась необходимость усилить наземные части авиацией, в том числе истребительной. Но тут выяснилось, что ни один немецкий самолет не приспособлен к эксплуатации в тропических условиях. Поскольку время уходило, было решено воспользоваться опытом итальянцев, с которыми немецкое командование вступило в оживленную переписку уже в сентябре 1940 года. Немцев интересовало все: и как уберечь экипажи от неблагоприятных погодных условий, и как камуфлировать самолеты. На основе полученной информации осенью 1940 года началась подготовка.