Елсуков рассказывал, что он сам обошел всю центральную часть города, отыскивая подходящее место для станции. Стоит добавить, что наземный павильон станции может располагаться в радиусе не более 300 м от основных объектов линии метрополитена, а это фактически возможно лишь в нескольких конкретных местах. Всего удалось подобрать 12 вариантов месторасположения вестибюля. Предложения оказались самые разные: в Александровском саду, в переходе под перекрестком Адмиралтейского проспекта и Гороховой улицы, на месте здания Института текстильной и легкой промышленности (ныне – Университет технологии и дизайна), в пешеходной зоне на Большой Морской, около арки Главного штаба.
Предлагались и такие амбициозные варианты, как строительство подземного вестибюля непосредственно под Дворцовой площадью. При дальнейшей проработке это предложение столкнулось с рядом ограничений, в том числе с геологическими аспектами влияния на существующую историческую застройку, поскольку строительство любого подземного сооружения влияет на гораздо большие площади, нежели возведение аналогичного наземного объекта.
Позднее, в 2005 г. появилась информация о новом месте для вестибюля – на набережной Мойки, 61, в здании, принадлежавшем Университету телекоммуникаций им. М. А. Бонч-Бруевича. Однако от этих планов спешно отказались ввиду неудобного расположения относительно транспортных потоков.
Станция «Адмиралтейская» вновь появилась в титуле 1986 г., но уже в составе 5-й линии, на участке «Садовая» – «Спортивная». «Метрострой» после рассмотрения многочисленных вариантов в итоге все равно вернулся к первоначальному – сносу дома № 4/1 на Малой Морской улице и расселению жильцов. Это место удобнее всего для организации пассажиропотоков и движения транспорта. Но с точки зрения проходки наклонного хода оно оказалось одним из самых сложных.
В 1991 г. начались проходческие работы по сооружению основных конструкций – боковых тоннелей и среднего зала станции с частью малого наклонного хода. Основной проблемой строительства оставалась проходка наклонного хода. 4 апреля 1994 г. мэр Санкт-Петербурга А. Собчак подписал распоряжение № 310 «О строительстве вестибюльного комплекса станции метрополитена „Адмиралтейская“», которым предполагалось полное расселение трех домов с последующим сносом и частичное расселение еще девяти по Малой Морской улице и Кирпичному переулку с укреплением несущих конструкций для сохранения зданий. Этого требовали технологии, применявшиеся в то время при строительстве. Выполнить распоряжение мэра тогда не удалось – экономика города переживала не самые лучшие времена, и строительство наклонного хода станции «Адмиралтейская» отложили на неопределенное время.
В 1997 г. горные работы в центральном и боковых залах подземной части «Адмиралтейской» практически завершились. При этом проходка велась с опережающим креплением сводовой части, благодаря чему все здания на поверхности удалось сохранить. 15 сентября 1997 г. открылся участок «Садовая» – «Чкаловская», но из-за отсутствия эскалаторного тоннеля поезда проезжали «Адмиралтейскую» без остановок. До 2011 г. – это «станция-призрак», тускло освещенную платформу и колонны которой можно было увидеть на перегоне между «Садовой» и «Спортивной».
В 2005 г. на станции возобновились строительные работы, начали сооружать платформу в центральном зале, служебные помещения, позднее – проводить внутреннюю отделку. Также возобновились и горные работы по строительству малого наклона и подходного коридора. Подвоз материалов и доставка рабочих осуществлялась по действующим путям метрополитена в ночное окно со станции «Звенигородская». Прямо на мостовой Кирпичного переулка пробурили вертикальную скважину над местом строительства, через которую бетон подавался непосредственно на нижний уровень.
В том же году вновь подтверждено решение о сносе дома на углу Кирпичного переулка и Малой Морской улицы. Но теперь, помимо возражений КГИОПа, добавились новые проблемы: часть квартир в доме оказалась приватизированной, и с их владельцами возникли серьезные юридические сложности. Расселение шло с большим трудом и со скандалами. Главный инженер ОАО «Метрострой» А. Старков позднее вспоминал: «В Китае людям дают две недели, чтобы освободить территорию, так как вся земля является собственностью государства. Дом, квартира – это личное имущество граждан. И действительно, через две недели там, где когда-то стоял дом, уже ничего нет. И начинает строиться метро. Я не говорю, что это правильно, но подход к решению проблемы понятен. И видно взаимопонимание населения и властей. Вспомним, сколько времени у нас ушло на расселение „Адмиралтейской“, когда оказалось, что в одной квартире прописано сто человек. На мой взгляд, для решения этой проблемы нужен административный ресурс».
6 сентября 2007 г. Правительство города приняло постановление об изъятии земельного участка, квартир и помещений в этом доме с формулировкой «для государственных нужд». Одновременно велись поиски новых щадящих технологий для проходки эскалаторного тоннеля.