Командир корабля Голиков, прапорщики Ливенцев и Алексеев заперлись в адмиральском салоне. Понимая, что долго там им не продержаться, они решили прыгнуть в море и попытаться доплыть до миноносца. Первым прыгнул в воду прапорщик Ливенцев и сразу же был убит несколькими выстрелами с палубы. Прапорщик Алексеев впоследствии вспоминал, что из окна адмиральского салона он видел, что в море плавают несколько десятков человек, по которым непрерывно стреляют с корабля. Наверху мятежники винтовками отгоняли от борта молодых матросов, которые также хотели броситься в воду. Они кричали: «Не прыгать! Все равно в воде всех перебьем!»
В своей каюте укрылся и вахтенный механик подпоручик Калюжнов, который решил до конца защищать жизнь своим единственным оружием — кортиком.
Тем временем заговорщики, вооруженные винтовками, стали собираться на шканцах, ободряя команду и уговаривая се продолжать бунт. После этого началась кровавая расправа над офицерами, о которой мы ниже поговорим отдельно. Когда часть офицеров была зверски убита, а остальные, раненые или избитые, заперты в одной из кают, Матюшенко стал полновластным хозяином корабля.
Всего во время мятежа было убито шесть офицеров и восемь матросов. Много было и раненых.
В пылу захвата корабля потемкинцы не обращали внимания на миноноску, стоявшую в десяти метрах по левому борту броненосца. Там же все происшедшее на «Потемкине», разумеется, наблюдал вахтенный миноносца № 267 (миноносец помимо номера имел еще и собственное название — «Измаил»). Вахтенный немедленно доложил командиру Клодту, что на броненосце происходит бунт. Выскочив наверх и убедившись в правильности доклада, лейтенант Клодт решил сняться с якоря и уйти от броненосца. Случайно с «Потемкина» заметили, что миноноска, до которой удалось доплыть некоторым офицерам, пытается сняться с якоря. По ней открыли стрельбу из винтовок. Несмотря на огонь, командир миноноски приказал выбрать якорный канат. Но канат захлестнулся на вьюшке. Командир попробовал оборвать его, дав задний ход, но безрезультатно.
По требованию потемкинцев командир миноноски лейтенант П.М. Клодт фон Юргенсбург развернул ее кормой к броненосцу, а затем на лодке отправился на «Потемкин».
Лейтенант Клодт, не желая подвергать миноносец обстрелу, отправился на броненосец. Здесь он увидел новоиспеченного командира Алексеева и толпу матросов, которые предложили ему исполнять обязанности старшего офицера. Клодт решительно отказался. Тогда с него сорвали погоны, избили и связали. В версии советских историков эти события были представлены по-иному: дескать, команда миноносца, увидев происходящее на броненосце, сама примкнула к бунтовщикам. На самом деле миноносец был попросту захвачен под прицелом направленных на него орудий броненосца.
После этого с броненосца на миноноску перешли два машиниста, два кочегара, рулевой и еще около десяти вооруженных винтовками матросов. Караул арестовал офицеров и вернулся на броненосец. Но потемкинские машинисты, кочегары и рулевой в дальнейшем почти постоянно находились на борту миноноски, заменив соответствующих специалистов. Вероятно, потемкинцы не доверяли команде миноноски и поэтому держали на ней своих людей, которые не только стояли вахты и наблюдали за настроением команды, но также вели революционную агитацию.
Историк Б.И. Гаврилов пишет. «Восставшие заняли важнейшие посты на корабле в соответствии с заранее намеченным планом (значит, план все же был и мятеж не являлся стихийным!. —
Пока наверху команда расправлялась с офицерами, кочегары и машинисты под руководством С.А. Денисенко и Е.К. Резниченко, выполняя план восстания, готовили корабль к походу. Машинные кондукторы не оказали восставшим никакого сопротивления. Специально выделенные матросы периодически информировали кочегаров и машинистов о ходе вооруженной борьбы на верхней палубе. Машинисты собирали разобранные накануне машины.