Казалось, что конфликт между армией и ЦИКом был исчерпан. Еще не закончились бои на окраинах Екатеринодара с Добровольческой армией, а в городе 11-го апреля продолжил работу 2-й съезд Советов области. От имени Юго-Восточной армии его делегатов приветствовал главнокомандующий А.И. Автономов. Есть необходимость привести этот документ хотя бы частично. Как следует из него, ничто тогда не предвещало неприятностей ни одной, ни другой сторонам затихающего конфликта.
Интересен состав этого съезда, так как он отражает расклад политических сил на территории Кубани, а в определенной степени, и в революционной Юго-Восточной армии. Из 832 делегатов большевиков было — 639, левых эсеров — 130, правых эсеров — 5, меньшевиков — 5, анархистов — 26. Съезд принял ряд очень серьезных решений: одобрил национализацию кубанских земли, лесов, вод и др. Съезд провозгласил создание Кубанской Советской республики, как неотъемлемой части РСФСР, и высказался за объединение с Черноморской республикой. В избранный на съезде ЦИК вошли в основном большевики: Я.В. Полуян — председатель, Гайченец и М. Шовгенов — заместители, В. Черный — секретарь, Л. Скворцов, К. Корнилов и др. Был также сформирован Совет Народных Комиссаров из 16 человек, 10 из которых — большевики.
ЦИК тем временем продолжал работу по наведению порядка в городе, а чтобы иметь для этого надежные силы, сформировал свои небольшие, руководимые проверенными большевиками и эсерами отряды. После очередной жалобы местных жителей Екатеринодара на то, что кутившая у Золотарева кампания не только разграбила несколько квартир и домов зажиточных людей, но взяла также в качестве арестованных женщин и изнасиловала их, было принято решение покончить с «Золотаревщиной».
В узком кругу на закрытом совещании был поставлен вопрос о ликвидации Золотарева и его ближайшего окружения. Автономов и Сорокин дали на это согласие. Оперативная группа, подчиненная ЦИК, и состоявшая из боевиков-анархистов под командованием Черемухина в результате тщательно продуманной операции без кровопролития захватила штаб и управление начальника гарнизона, арестовала Золотарева со всеми его приспешниками. Золотарева расстреляли возле каменного забора у артиллерийских казарм 20 апреля 1918 г. Вместе с ним были казнены его ближайшие подручные — Дьяченко, Симоненко и Редутов. Макс Шнейдер от суда ускользнул.
Итак, Добровольческой армии было нанесено ощутимое поражение. Деникин увел ее в Сальские степи, но перед кубанскими партийными и советскими руководителями, перед командованием Юго-Восточной армии в лице Автономова и Сорокина встали новые, очень серьезные задачи. Во-первых, нарастали контрреволюционные выступления казаков, и требовалась концентрация сил для борьбы с ними; во-вторых, необходимо было организовать борьбу с германским нашествием. Как уже говорилось, немцы к этому времени захватили часть Донской области и стояли у границ Кубани.