Штаб Автономова в это время, как, впрочем, и в последующем, также мало походил на штабы регулярных войск. Некоторые его подразделения только начинали создаваться, а тыловое обеспечение, медицинская служба и служба связи существовали только в зачаточном состоянии. Все армейское снабжение оружием и боеприпасами шло исключительно за счет тех запасов, которые вывезли с собой некоторые части с фронтов 1-й Мировой войны. В этих условиях Сорокин стал хорошей опорой для Автономова. Очень пригодился какой-никакой, но все же опыт, который он приобрел на фронте, по медицинской части, организации службы связи, и особенно по разведке.
Сам Автономов стремился бывать во всех отрядах, иметь представление о своих войсках и о противнике. Как только обзавелись бронепоездом, он сделал его местом своего постоянного пребывания, и его штаб теперь мог в течение короткого времени побывать в нескольких, далеко отстоящих друг от друга формированиях. Вместе с командующим в бронепоезде находились также его сестра Екатерина и младший брат Сергей. Автономов с головой ушел в доработку плана по взятию кубанской столицы.
Стремясь предвидеть, как будут развиваться события, Автономов, ставшие уже официально его помощниками Сорокин и Невзоров постарались учесть опыт двух предыдущих неудачных попыток по овладению Екатеринодаром. И вот к середине марта подготовка к боевым действиям была завершена. Теперь на Екатеринодар наступало сразу три группы отрядов — из Тихорецкой под командованием самого А.И. Автономова, из Кавказской двигались части Сорокина, отдельные отряды продвигались от Армавира и Тимашевской.
Кубанское правительство и Рада знали, настолько мощным будет наступление красных войск, как, впрочем, и слабость своих сил тоже. Атаман Филимонов оценил всю шаткость своего положения и решил без боя оставить город. Но, прежде чем уйти, в ночь на 14 марта с помощью все того же Покровского белоказаки захватили в качестве заложников руководство кубанских большевиков: И.И. Янковского, М.М. Корякина, А.А. Лиманского, П.В. Асаульченко, Я.В.Полуяна и др. Затем атаман Филимонов и Рада с отрядом Покровского отступили в горы, в направлении аулов Тахтамукай и Шенджий. Красные отряды, не встречая сопротивления, вошли в Екатеринодар; первыми в город ворвались сорокинцы.
Через несколько дней после взятия Екатеринодара в городе состоялось собрание делегатов от воинских частей. На нем были подведены итоги всего, что было сделано по формированию армии как самостоятельной и управляемой боевой единицы. Командующим всеми войсками красной гвардии вновь был признан А.И. Автономов, его помощником утвердили И.Л. Сорокина, политкомом П. Гуменного, а начальником городского гарнизона и его комендантом — Золотарева. Справедливо считая Сорокина более способным решать чисто военные задачи, Автономов взял на себя организационные вопросы.
Главным противником с момента взятия Екатеринодара теперь оставались немцы, и Автономов хотел использовать это как фактор для объединения всех патриотов Юга России. «Поднять все казачество против немцев!» — в этом были всего его надежды. Сегодня их можно назвать утопическими и наивными, но в то время Автономов считал, что перед лицом захватчиков разлетятся все обиды и неурядицы, а великая, объединяющая сила — любовь к родной земле — сплотит всех казаков, в том числе бывших офицеров и иногородних для общего дела. Продолжая использовать мандат Антонова-Овсеенко, он все свои силы и время отдавал формированию новых красных отрядов на Северном Кавказе, почти не бывал в Екатеринодаре. Полным хозяином в городе стал его помощник Сорокин и комедант Золотарев.
Ивана Лукича не надо идеализировать. Ему, как и любому человеку, было свойственно ошибаться, погорячившись, совершать поступки, которые отнюдь не повышали его авторитет, а скорее наоборот, множили число его завистников и недоброжелателей. Очень часто его подводили те, кому он излишне доверял, его именем нередко совершались дела, которые шли вразрез с требованием революционной и воинской дисциплины.
Сравнительно легкая победа над войсками Рады хоть кому могла вскружить голову. Не избежал этого и Иван Лукич. Полученная большая самостоятельность, победные лавры, огромное доверие и авторитет в войсках стали мешать ему. Оставаясь все таким же смелым, энергичным и удачливым, он стал искать все новых признаний своих заслуг. В городе проходили частые парады, чествования победителей, в частях сквозь пальцы смотрели на частые выпивки бойцов и командиров. Как принято сейчас говорить, армия и ее руководители не выдержали испытания славой. Сорокину хотелось дать некоторые послабления войскам за их успешные действия, и иногда он не придавал серьезного значения тому, как они стали вести себя в условиях крупного города.