Кровавой фантазии следователям было не занимать, поэтому они не затруднились начать дело против Медведева с обвинения в покушении на «здоровье» царя Петра и членов царской семьи. Шакловитый под пыткой «признался» во всех этих замыслах, хотя непохоже, что рухнувший с высот власти временщик был совершенно сломлен: он не подтверждал вины тех своих товарищей, которые не «признавали» свою вину сами. Сравнительная легкость «признания» Шакловитого вытекала из его психологии государственного деятеля, игравшего по тем же правилам, что и его противники. Федор Леонтьевич потерпел поражение и пощады не ждал. Зачем ему было принимать лишние муки? Если бы победил он и его неприятели из непонятного упорства не «признавались» бы в заговоре (скажем, на жизнь царя Ивана и царевны Софьи), неужели он не сочинил бы за них достаточно выразительных «признаний»? Хорошо еще, что Шакловитый не потянул с собой в могилу других людей и не пытался отдалить смерть, оговаривая невинных.
С Сильвестром, который по непонятным следователям причинам считал правду важнее власти и даже жизни (причем, надо особо подчеркнуть, собственной, а не чужой жизни), бороться было гораздо сложнее. Если бы Медведев, прибегая к уверткам, старался хитроумно обелить себя, его можно было бы запутать во множестве разных показаний, используя известный издревле арсенал методов допроса. Однако он, как назло, упорно говорил правду, а это не соответствовало целям следствия.
На обвинение в «заговоре» против царя и его семьи Медведев сказал попросту, что «на государское здоровье и о возмущении святой церкви Федька-де Шакловитый (уменьшительные написания имен – на совести составителей протоколов) о государском здоровье и о убийстве никаких слов ему не говорил». Был лишь один случай, когда группа приближенных Шакловитого пришла к Сильвестру за советом: люди были испуганы приказом временщика «тайно в ночи убить» Л.К. Нарышкина, Б.А. Голицына и других «петровцев». Сильвестр ответил им ясно: «Если вы так сделаете – пропадете вместе с Федором и здесь, и в вечные времена душами». Если вы, подчеркнул Медведев, хотите передать мои слова Шакловитому – говорите, я готов повторить их ему в лицо. Поскольку приближенные Шакловитого боялись возвращаться с таким ответом к хозяину, «потому что за то непослушание боятся они смерти», Сильвестр посоветовал им сказать временщику, что одним им такого большого дела не осилить, а говорить иным они о том не смеют: «Говорил бы он им сам».
«А если то дело им и учинить – и им всем пропасть, – заметил Медведев и пояснил: – Он, Федька, в то время отопрется и их всех напрасно погубит!» Что ж, психология власть имущих была Сильвестру достаточно известна. Сам Шакловитый наверняка схватил бы убийц и казнил, да еще прославился бы своей справедливостью, убрав одновременно политических соперников. Как бы то ни было, Медведев сорвал этот кровавый замысел. Дважды он беседовал с кандидатами в тайные убийцы и заставил их отказать Шакловитому.
Шакловитый, по словам Сильвестра, действительно часто жаловался на царицу Наталию Кирилловну Нарышкину и ее советника боярина Льва Кирилловича Нарышкина, считая, что без них бы у Софьи с царем Петром все «было советно», но замыслов на жизнь матери царя никогда с Медведевым не обсуждал. Между прочим, просветитель указывал Шакловитому, что «кто кому чего желает – тот сам от Бога то же примет». Из показаний Медведева совершенно ясно вытекало, что он в принципе не мог быть участником «заговора», будучи противником насильственных средств в политике вообще. Видимо, это поняли даже следователи, которые не слишком настойчиво расспрашивали других «заговорщиков» об участии Медведева в каких-то тайных планах. Ни на допросах, ни на пытках никаких «улик» против Сильвестра в этом отношении так и не обнаружилось. Следом за дутым обвинением в «заговоре» на допросе Медведева 24 сентября «выявился» пласт обвинений, не фигурировавших в изветах и показаниях других лиц. Нетрудно убедиться, что обвинения эти были услужливо предложены следственной комиссии обеспокоенным за скорейшее осуждение «злодея» патриархатом. Сильвестру пришлось отвечать, что «церкви святой никаким смущением он не смущал». «Доказательством» его вины служил памфлет Афанасия Иоаннова. Медведев сказал, что знаком с этими «тетрадками», заказал писцам две копии с них лично для себя и хранит в своей келье. Ничего против патриарха в этом сочинении нет – оно написано против приезжих греков.