Алексей Михайлович желал, чтобы Саввино-Сторожевский монастырь был его игрушкой. Здесь он чувствовал себя как бы монахом. Здесь для него и его супруги Марии Ильиничны Милославской были оборудованы кельи на манер монашеских. Делами монастыря царь желал заниматься лично, чтобы архимандрит был чем-то вроде его наместника. Не раз и не два приходилось Никанору спешно мчаться по царскому вызову в Москву с докладом о состоянии дел и здоровье братии. Любые мелочи Алексей Михайлович хотел решать сам, что немало затрудняло Никанора. В любое время дня и ночи он вынужден был добираться в Кремль, имея специальное (и весьма необычное) разрешение миновать заставы и даже дворцовую охрану, невзирая на поздний или ранний час. Рогатки караулов свободно раздвигались перед Никанором, непреодолимое препятствие стояло только на одной дороге – в Соловки.
В московской суете, вынужденный подчиняться прихотливой царской фантазии, архимандрит не мог забыть своего «обещания». Алексей Михайлович был щедр к приближенным, и Никанор мог посылать на Соловки подарки. В разное время он отправил туда до шестисот рублей денег, две митры, стоящие в сумме 1210 рублей, великолепный образ Богоматери в драгоценном окладе, книги, изображения праздников и святых на весь год, писанные красками с золотом. Особым подарком, выражающим глубокое почтение к обители, были серебряные рипиды – лучистые круги с изображением серафимов, укрепленные на длинном древке, – они применялись для архиерейского богослужения и во время крестного хода с участием епископа.
По-видимому, Никанор переписывался со своими друзьями и единомышленниками на Соловках – Герасимом Фирсовым, написавшим сочинение против никонианских реформ, Александром Стукаловым, Азарием, Геронтием и другими. Он помогал людям, устремлявшимся в Соловецкую обитель. За одного из них – инока Боголепа – он даже сделал в монастырь вклад в 200 рублей. Поддерживать приходилось и тех, кто был выслан на Соловки по воле патриарха Никона: среди них были и монахи Саввино-Сторожевского монастыря, участь которых не смягчило даже приближенное к царю положение.
Шли годы. Преобразования Никона все глубже проникали в церковную жизнь, вызывая где яростные протесты, где скрытое неприятие, где равнодушную покорность. Хотя соловецкий архимандрит Илья в 1654 году участвовал в московском церковном соборе, определившем приступить к исправлению русских церковных книг по греческим, волна нововведений не захлестнула Соловецкую обитель. Никанор знал, сколь хорошо приняли монахи сосланного к ним по настоянию Никона бывшего начальника Государева Печатного двора князя Михаила Ивановича Львова. Приезжавшие в столицу соловчане рассказывали, что к живущему якобы под стражей Львову приходят в гости многие монахи, проводят у него целые ночи в разговорах о старом благочестии, принося «к нему сосудами и погребцами вино и водку и пьючи с ним».
Последнее Никанор, как строгий аскет, не одобрял, но стремление соловецкой братии облегчить ссылку невинного человека было ему понятно. Даже монастырский казначей снабжал арестанта необходимыми товарами и предметами привычной князю роскоши. На острове Львов имел и богатую одежду, и слуг, и лошадей. Соловецкие монахи не оставляли своей заботой и других ссыльных, в том числе тех, кто представлялся особо опасным всемогущему патриарху Никону.
В принадлежащий Соловкам Кандалакшский монастырь был сослан известный книжный справщик протопоп московского Казанского собора Иван Неронов. Среди болот и лесов, в дикой местности, где кочевали одни лопари, должен был, по мысли Никона, заглохнуть голос проповедника старой веры. Ни зимой, ни летом не было дороги через дебри – только морем можно было добраться оттуда до жилых мест. Патриарх особенно позаботился об охране ссыльного, пламенные речи которого уже ycпели взволновать Вологду и едва не вызвали восстания в защиту «исконного благочестия» в Спасо-Каменном монастыре.
Однако и в Кандалакше Неронов сумел привлечь на свою сторону несколько монахов и мирян. Августовской ночью 1655 года, когда караульные заснули, Неронов с товарищами вышел на маленькой лодке в бурное море. На подходе к Кеми беглецов подобрало соловецкое судно. 15 августа протопоп был с честью принят в Соловецком монастыре. Архимандрит Илья с братией не только не выдал Неронова властям, но, благожелательно расспросив и снабдив на дорогу всем необходимым, на особом судне сопроводил на Двину, откуда беглец смог тайно добраться до Москвы. Благословение на подвиг во имя веры, данное Ильей Неронову, выражало глубокую симпатию соловецких монахов к московским страдальцам.