Неудивительно, что царь Алексей Михайлович многие годы не позволял архимандриту Никанору совершить паломничество на Соловки. И без того было известно, что соловецкие монахи, жившие в Москве и других городских подворьях монастыря, чуть ли не все настроены против реформ Никона, поддерживавшихся самодержцем. У них было много друзей и родственников, а потоки богомольцев продолжали течь к беломорским святыням, несмотря на войны, эпидемии и экономические трудности. Наконец отправиться в паломничество на Соловки удалось и Никанору. В дороге к Белому морю он еще раз убедился, что и некогда помогавший ему вологодский архиепископ Маркелл разделяет осторожное отношение соловецких монахов к церковным реформам. По словам Маркелла, колебался и не спешил рассылать по епархии новопечатные книги новгородский митрополит Макарий. Ходили слухи, что отвергает никонианские книги вятский епископ Александр. То здесь, то там в северных уездах возникали конфликты с властями священников и прихожан, не желавших принимать нововведения.
Вырваться на Соловки Никанору помогли трагические события. Поразившая многие районы России и Украины эпидемия холеры не пощадила и Саввино-Сторожевского монастыря. Несмотря на все меры, предпринимавшиеся архимандритом, и самоотверженный уход братии за больными, в монастыре из примерно трехсот монахов осталось в живых сто семьдесят. Это не мешало Алексею Михайловичу хвастаться монастырем перед иностранцами, но не дать краткий отпуск пережившему боль многих утрат архимандриту он не мог. Никанор получил указание ни на день не затягивать свое богомолье и, поклонившись мощам святых Зосимы и Савватия, немедленно возвращаться к царю.
К святым мощам саввинский архимандрит приехал не с пустыми руками. Помимо собственного богатого подношения Никанор привез на тысячу рублей крупной серебряной монеты от одного из знатных и богатейших людей государства – боярина Бориса Ивановича Морозова. Боярин пожертвовал более трех пудов серебра не напрасно (вскоре он прибавил еще столько же). Драгоценный металл на новые раки Зосиме и Савватию давал человек, в доме которого радушно принимали старообрядческих проповедников, а также воспитывалась будущая мученица Феодосия Морозова. В затянувшейся до утра беседе со старыми товарищами Никанор говорил о нарастании противодействия Никону при дворе, о возможности опереться в борьбе за «благочестие» на многих знатных лиц, таких, как боярин Морозов, использовать влияние на властного царя его супруги Марии Ильиничны.
Утром судно Никанора отвалило от причала в Заливе Благополучия. Вскоре кормщик велел поднять паруса. Соловецкие острова, мелькнув, как сказочное видение, скрылись за кормой. Разрешенное царем богомолье продолжалось один день. Никанор убедился, что братия и трудники монастыря твердо стоят «в древнем отцепреданном благочестии», и недаром люди по всей России видят в Соловецкой обители непреступную твердыню против захлестывающих страну никонианских нововведений. Об одном жалел саввинский архимандрит – что сам он не может быть вместе с братией в приближающиеся трудные времена, не может живым словом поддержать колеблющихся и боящихся высочайшего гнева, особенно мягкосердечного архимандрита Илью. Беспокойство и вера боролись в душе Никанора, когда уносящая его лодья скользила по длинным валам Белого моря к Холмогорам. Как-то поутру, уже в среднем течении Северной Двины, Никанор в неясном волнении поднялся на палубу дощаника. Среди проходящих мимо судов захватил его внимание черный казенный струг. Произнеся молитву и осенив себя двуперстным знамением, Никанор отогнал явившееся было адское видение, но долго не мог справиться с холодной дрожью. Лишь спустя годы он узнал, что случившееся посреди реки предчувствие не обмануло. Тогда, в августе 1657 года, мимо Никанора вниз по Двине ехал дворянин Новгородского Софийского дома Иван Мальгин. В Холмогоры и далее на Соловки вез он новопечатные никоновы служебники и строгий указ употреблять при богослужении только эти, исправленные против древнего обычая книги. В истории Соловков открывалась новая, опасная страница, развертывались события, в которых Никанору не суждено было участвовать.
Лето 1660 года