11 января на митинге мусульманские ораторы стали требовать изгнания армян из Баку, организовать массовый поход на Карабах. Руководство НФА пошло на беспрецедентный шаг, направленный на легализацию своей власти. Партийному и государственному руководству республики был предъявлен ультиматум о немедленном созыве сессии Верховного Совета Азербайджанской ССР. Радиоцентр и ряд правительственных зданий перешли в руки НФА. Многотысячный митинг перед зданием ЦК компартии республики требовал отставки его первого секретаря Везирова. НФА сформировал совет национальной обороны и призвал народ к военным действиям в случае вступления в город советских войск. С 12 января погромы в столице республики приобрели общегородской характер. Дом за домом очищался от армянских жителей.
13 января состоялся 150-ти тысячный митинг, после которого толпы погромщиков, возглавляемые активистами НФА, скандируя антиармянские лозунги, пошли по адресам из размноженных списков и начали выселять армян из их жилищ. Бандиты врывались в квартиры и дома армян, сбрасывали их с балконов, заживо сжигали на кострах, применяли изуверские пытки, некоторых расчленяли, насиловали девочек, женщин, старух. Семь последующих дней в городе безнаказанно длилась вакханалия насильников, грабителей и убийц армян. А тем, кому удавалось избежать гибели, подверглись насильственной депортации. Тысячи армян паромом через Каспийское море доставлялись на восток в порт города Красноводска Туркменской ССР, а оттуда самолетами в Армению. Только 19 января по сводкам МВД, которые вряд ли отражали действительность, в Баку было убито 60 армян, около 200 ранено, изгнано из города 13 тысяч.
Депортация проводилась под контролем и при организации активистов НФА. Схема действий погромщиков была однотипной. Вначале в квартиру врывалась толпа из 10–20 человек, начинались избиения армян. Затем появлялся представитель Народного фронта, как правило, с уже оформленными по всем правилам документами на обмен или якобы продажу квартиры, после чего немедленно предлагалось покинуть жилище и направиться в порт. Людям разрешали брать вещи, но при этом отбирали деньги, драгоценности, сберегательные книжки. В порту действовали пикеты НФА, они обыскивали беженцев, иногда снова избивали.
Азербайджанские правоохранительные органы не только бездействовали, но нередко сами участвовали в погромах и грабежах. Чувствуя безнаказанность, погромщики стали совершать насилия и в отношении русских и русскоязычного населения, вынуждая и их в массовом порядке также покидать республику. Как и в Сумгаите, Кировабаде было немало азербайджанцев, которые в условиях кровавого беспредела, рискуя жизнью, спасали своих армянских друзей, соседей, а то и просто незнакомых.
Президент СССР M. С. Горбачев, в случае с событиями в Баку, повел себя традиционно — длительное время занимал выжидательную позицию. В этих условиях руководители КГБ, МВД и Министерство обороны СССР не могли даже отдать приказ давать отпор вооруженным нападениям активистов НФА на воинские и пограничные части. Только 15 января Президиум Верховного Совета СССР утвердил подписанный Горбачевым Указ о введении режима чрезвычайного положения в Азербайджане. Но и здесь был казус. Чрезвычайное положение вводилось, безусловно, только на территории Нагорно-Карабахской автономной области, а также в районах, приграничных с ней и расположенных на границе с Ираном. А вот в Баку ввести его предлагалось Президиуму Верховного Совета республики. Но к тому времени было очевидно, что азербайджанское руководство безнадежно утратило контроль над ситуацией, и что НФА не удовлетворится армянскими погромами, а также традиционной сменой партийного лидера республики. Несомненным является и факт того, что Горбачев имел от спецслужб страны достаточно достоверную информацию о сложившейся ситуации в Баку и в Азербайджане в целом. В это время там, в виде помощи первому секретарю ЦК партии Везирову, находились Председатель Совета Союза Верховного Совета СССР, академик Примаков и секретарь ЦК КПСС Гиренко. Видимо, Горбачев надеялся, что санкцию на ввод войск в Баку даст республиканское руководство. Но оно предпочло тоже уклониться и переложило ответственность даже за свое спасение на Москву. 19 января Горбачев все-таки подписал специальный Указ Президиума Верховного Совета СССР «О введении чрезвычайного положения в городе Баку», который гласил: «В связи с резким обострением обстановки в городе Баку, попытками преступных экстремистских сил насильственным путем, организуя массовые беспорядки, отстранить от власти законно действующие государственные органы и в интересах защиты и безопасности граждан Президиум Верховного Совет» СССР, руководствуясь пунктом 14 статьи 119 Конституции СССР, постановляет: «Объявить с 20 января 1990 года чрезвычайное положение в городе Баку, распространив на его территорию действие Указа Президиума Верховного Совета СССР от 15 января 1990 года».