Описания лишений и страданий, которые испытывали в это же время бойцы Красной Армии, практически не отличались от воспоминаний белых офицеров. Говоря об отступлении красных частей и членов семей красноармейцев, С. М. Буденный писал: «Части дивизии терпели невероятные лишения. Не хватало продовольствия, воды, медикаментов… Слабые не выдерживали, падали и умирали либо от голода и жажды, либо от широко распространившихся инфекционных болезней».
Солдаты бежали из армий, превращавшихся в скопления голодных и больных людей. Массовое дезертирство благоприятствовало появлению так называемых «зеленых» отрядов, сражавшихся как против красных, так и против белых и безжалостно грабивших местное население.
Белые и красные военачальники прибегали к расстрелам для того, чтобы навести порядок в частях, и прежде всего – остановить массовое дезертирство. Приказ председателя Реввоенсовета Л. Д. Троцкого от 24 ноября 1918 года гласил:
«1. Всякий негодяй, который будет подговаривать к отступлению, дезертирству, невыполнению боевого приказа, будет расстрелян.
2. Всякий солдат Красной Армии, который самовольно покинет боевой пост, будет расстрелян.
3. Всякий солдат, который бросит винтовку или продаст часть обмундирования, будет расстрелян.
4. Во всякой прифронтовой полосе распределены заградительные отряды для ловли дезертиров. Всякий солдат, который попытается оказать этим отрядам сопротивление, должен быть расстрелян на месте.
5. Все местные Советы и комитеты бедноты обязуются со своей стороны принимать все меры к ловле дезертиров, дважды в сутки устраивая облавы: в 8 часов утра и в 8 часов вечера. Пойманных доставлять в штаб ближайшей части и в ближайший военный комиссариат.
6. За укрывательство дезертиров виновные подлежат расстрелу.
7. Дома, в которых будут открыты дезертиры, будут подвергнуты сожжению.
Смерть шкурникам и предателям!
Смерть дезертирам и красновским агентам!».
Эти суровые меры одобрялись теми, кто не покидал рядов своих армий, продолжал идти в бой и терпеть тяготы военной службы. Тем больше была их ненависть к людям, сбежавшим от смертельно опасных испытаний. Ненависть у воинов часто распространялась и на мирное население, под разными предлогами уклонившееся от воинской службы. С точки зрения белых эти люди предали «святую Русь». С точки зрения красных эти люди предавали интересы трудящихся, выступивших за создание мира справедливости и всеобщего счастья.
Особую ненависть вызывали явные враги. Поэтому суровые меры применялись по отношению к разведчикам и диверсантам, засланным противной стороной. Языковая и культурная общность большинства участников Гражданской войны России позволяла им сравнительно легко орудовать за линией фронта в тылу своих противников. В приказе № 174 от 12 июля 1919 года председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский писал: «В самом тылу нашей армии происходят взрывы мостов, складов, кража и сокрытие столь необходимого армии оружия… во многих местах замечается усиление бандитизма, ограблений, хищения грузов». Приказ предписывал превратить все чрезвычайные комиссии «в боевые лагеря, готовые в любое время разрушить планы белогвардейских заговорщиков. Все явные и скрытые враги Советской России должны быть на учете ЧК и при малейшей попытке повредить революции должны быть наказаны суровой рукой». Приказ предупреждал: «Никакой пощады изобличенным в белогвардейских заговорах не будет».
Поддерживая такие меры борьбы против контрреволюции, Ленин говорил: «Я рассуждаю трезво и категорически: что лучше – посадить в тюрьму несколько десятков или сотен подстрекателей, виновных или невиновных, сознательных или несознательных, или потерять тысячи красноармейцев и рабочих? – Первое лучше. И пусть меня обвинят в каких угодно смертных грехах и нарушениях свободы – я признаю себя виновным, а интересы рабочих и крестьян выиграют».
Однако несмотря на растущую активность ВЧК у красных и разведслужб у белых, война на невидимом фронте не прекращались. 30 августа 1918 г. был убит руководитель Петроградской ЧК М. С. Урицкий. В тот же день правая эсерка Ф. Каплан стреляла в В. И. Ленина и тяжело ранила его. В ответ на покушение на Ленина 5 сентября 1918 года Совнарком принял постановление о «красном терроре». Дзержинский объяснял: «Красный террор был не чем иным, как выражением непреклонной воли беднейшего крестьянства и пролетариата уничтожить всякие попытки восстания против нас».