После разоблачения многочисленных заговоров и мятежей, измен и предательств среди небольшевистских партий подозрения вызывали все представители свергнутых классов, все члены небольшевистских партий. Ненависть к потенциальным врагам заставляла даже сотрудников правоохранительных органов закрывать глаза на необходимость соблюдать правовые нормы. Решения, определявшие судьбы людей, нередко выносили на основе «политической целесообразности и правосознания коммунистов», как говорили такие деятели советской правоохранительной системы, как К. Х. Данишевский и Н. В. Крыленко. Член коллегии ВЧК Мартин Лацис в журнале «Красный террор» требовал: «Не ищите в деле обвинительных улик о том, восстал ли подозреваемый против Советов оружием или словом». (Ознакомившись с этим указанием Лациса, Ленин публично осудил его, а вскоре по решению ЦК журналы «Красный террор» и «Вестник ВЧК» за пропаганду подобных взглядов были закрыты.)
На основе произвольных подозрений творились огульные расправы не только с членами семьи бывшего российского императора, но и с другими его родственниками из династии Романовых. Подозрения по отношению к «классово чуждым элементам» стали причиной репрессий, проведенных среди казаков. 24 января 1919 года председатель ВЦИК Я. М. Свердлов подписал циркулярное письмо, в котором говорилось: «Необходимо, учитывая опыт Гражданской войны с казачеством, признать единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества путем поголовного их истребления». Курс на «расказачивание» привел к массовым казням. Подозрения и ложные наветы стали причиной казней вождей красного казачества Ф. К. Миронова и Б. М. Думенко, а также ряда комиссаров, клеветнически обвиненных в измене «делу пролетарской революции».
Огульные гонения обрушивались и на многих служащих религиозного культа. Правда, даже в годы Гражданской войны Советская Россия избежала тотальной войны против христиан, подобной той, что велась в Мексике. Тогда в 20-х гг. ХХ века в этой стране правительственные войска поголовно уничтожали не только священников, но и верующих, так называемых «кристерос». (Об этом ярко рассказал в своем известном романе «Власть и слава» английский писатель Грэхэм Грин, верный сын католической церкви.) Более того, Советские власти не помешали завершению Патриаршего Собора, который впервые после упразднения Петром Первым патриаршества возродил его.
Однако после начала Гражданской войны русская православная церковь, как правило, активно приветствовала приход белых армий и поддерживала антисоветские настроения среди населения в тылу Красной армии. Были случаи, когда священники активно участвовали в подрывной антисоветской деятельности. По этой причине в популярной песне тех лет с припевом: «С отрядом флотским товарищ Троцкий нас поведет в последний бой» содержался призыв: «Мы раздуем пожар мировой/ церкви и тюрьмы сравняем с землей». А в другой популярной песне на слова Демьяна Бедного говорилось: «Что с попом, что с кулаком/та ж беседа:/в брюхо толстое штыком мироеда».
Поэтому неудивительно, что, стремясь немедленно покончить с религией, власти закрывали церкви и арестовывали священников. Г. Е. Зиновьев сообщал делегатам VIII съезда партии, что в некоторых волостях «исполкомы запретили колокольный звон. Или же случалось, что закроют церкви и откроют кинематографы или как-нибудь наступят на ноги местному населению». Осуждая эти действия, Зиновьев говорил: «Они добьются того… что мужики, которые наполовину против попов и против колокольного звона, будут ждать колокольного звона как благовеста».
Стремление подавить прямое или косвенное сопротивление господствующей власти способствовало расправам с инакомыслящими или людьми, вызывавшими подозрения хотя бы по их внешнему виду. Охота за тайными врагами в любой стране, пораженной гражданской войной, неизбежно вызывает массовую паранойю. По словам персонажа из рассказа Марка Твена, в годы гражданской войны в США в Северных штатах «конца не было слухам о шпионах мятежников, – говорили, что они проникают всюду, чтобы взрывать форты, поджигать наши гостиницы, засылать в наши города отравленную одежду и прочее в том же духе». Следствием распространения аналогичных настроений в Советской России стали аресты невиновных людей, случайно заподозренных в подрывной деятельности. По этой причине сбившиеся с пути председатель ВЦИК М. И. Калинин и председатель ЦИК Украины, бывший депутат Госдумы от большевиков Г. И. Петровский были чуть не расстреляны бойцами С. М. Буденного по подозрению, что они – шпионы белых. Да и сам С. М. Буденный, встретив задержанных вождей Советской власти, решил по их «внешнему виду», что они или меньшевики, или эсеры. Подобных историй в Гражданскую войну было немало и не все они кончались благополучно.