17 сентября майор Йоханнес Траутлофт из JG 54 отправился на так называемую «свободную охоту» в район Ленинграда. В ходе вылета Траутлофт заявил несколько побед. Сопровождавшие его лейтенант Макс-Гельмут Остерман и унтер-офицер Иоганн Хальфман заявили по два сбитых МиГа. МиГи-3 из состава 6-го ИАК ПВО часто выступали в своей первоначальной роли - высотных истребителей. Но на больших высотах часто происходили отказы вооружения, которое просто замерзало. В таких условиях многие пилоты шли на таран. Например, в подобной ситуации в сентябре 1941 года оказался пилот 34-го ПАП А.Н. Катрич. В районе Солнечногорска на высоте 9800 метров он перехватил немецкий бомбардировщик. Ему удалось подавить бортстрелков немца, когда у него самого отказали пулеметы. Тогда Катрич срубил хвостовое оперение немецкого самолета своим винтом, причем сделал это так умело, что лишь незначительно погнул лопасти. Катрич уже имел опыт тарана, когда служил в 27-м ИАП. Удачно закончился таран и для лейтенанта Т. Белоносова, который сбил немецкий самолет на высоте всего 900 м.
24 сентября пара Bf 109, пилотируемая обер-лейтенантом Раллом и унтер-офицером Кёппеном, атаковала отряд из девяти СБ и четырех МиГов-3. Кёппен сбил МиГ, летевший с выпущенным шасси, и один СБ.
В начале октября в распоряжение Западного фронта передали три ИАП, летавших на МиГах: 519-й ИАП, оснащенный самолетами с PC, 41-й ИАП, также оснащенный PC, и 28-й ИАП. Первые два полка стояли на аэродроме Тушено, а третий - на аэродроме в Сталиногорске. 519-й ИАП начал боевые вылеты 6 октября, 41-й ИАП - 7 октября, а 28-й ИАП - 8 октября.
Также в начале октября на Черноморском флоте приступил к боевым вылетам 62-й ИАП, частично оснащенный МиГами.
2 октября пилоты II./JG 54 заявили двенадцать сбитых МиГов без потерь со своей стороны. МиГ, сбитый в 16:35 обер-лейтенантом Шпете, оказался тысячной победой JG 54 с начала войны с Советским Союзом.
Вечером 3 октября шесть МиГов-3 из 129-го ИАП сопровождали три Ила-2 из 15-го ШАП, штурмовавших немецкую колонну в районе деревни Карпове. В ходе операции был потерян один Ил.
Вечером 3 октября 509-й ИАП, укомплектованный неопытными пилотами, был вынужден подняться в воздух, так как в район аэродрома прорвались немецкие войска. Перелет из Кран в Ливны обошелся без потерь. До 22 октября полк совершил 213 боевых вылетов, потеряв 13 из имевшихся 18 МиГов-3.
7 октября сформировали авиационную группу из четырех полков, подчиненных командованию Западного фронта. В состав группы среди других вошли два полка на МиГах-3.
8 октября в бою с двумя МиГами над Перекопом погиб ас JG 77 Курт Лассе, имевший 41 заявленную победу.
10 октября расформировали Резервный фронт, а его авиацию передали Западному фронту, который к тому моменту располагал двумя ИАП на МиГах: 28-м и 519-м ИАП. В тот же день 60 самолетов из 27-го ИАП и 120-го ИАП участвовали в атаках на наземные цели в районе Белого. На следующий день налет повторили силами 34-го и 120-го ИАП.
11 октября шесть МиГов-3 из 42-го ИАП сопровождали двенадцать Ил-2, целью которых был аэродром под Орлом. В ходе штурмовки три МиГа, ведомые капитаном Морозовым, прикрывали район налета, а тройка капитана Георгия Зимина обеспечивала непосредственное сопровождение штурмовиков. В момент атаки аэродрома МиГи заметили четверку Bf 109, пытавшихся взлететь. Все четыре немецких самолета были уничтожены. В этот момент над аэродромом появилось пять Ju 52, шедших на высоте 200 м. МиГи атаковали и их, заявив победы над всеми пятью немецкими транспортниками.
В тот же день лейтенант Н.Г. Заболотный сбил Ju 88.
11 октября советские бомбардировщики, сопровождаемые МиГами-3, атаковали позиции бригады LSSAH. Пилоты из II./JG 77 перехватили советские самолеты и заявили четыре сбитых бомбардировщика и один МиГ.
12 октября погиб Дмитрий Кокорев, автор первого тарана на Восточном фронте. Перед гибелью он успел сбить пятый самолет.
В тот же день произошел бой между МиГами из 16-го ИАП ПВО и Bf 109 из I./JG 52, ведомыми капитаном Карлом-Хайнцем Леесманном, в задачу которых входило сопровождение Ju 88. Мл. лейтенант Иван Заболотный сбил один немецкий самолет, но и сам был сбит, но уцелел и спустя три дня вернулся в расположение полка.
С 12 октября 126-й ИАП начал боевые вылеты на самолетах Р-40В. К этому времени в мастерских полка в порядок привели 26 МиГов-3. также 12 октября 120-й ИАП присоединили к авиагруппе полковника Н.А. Бытова, поддерживающей действия 5-й Армии.
13 октября командир 180-го ИАП капитан А.П. Снегирев вместе с адъютантом полка ст. лейтенантом Хлусовичем по ошибке приземлились на занятый немцами аэродром Михайлове. Хлусович первым понял ошибку и сумел взлететь, тогда как Снегирев погиб при попытке подняться в воздух.