Ночью 14 мая русские войска оставили город Дальний и отступили к Порт-Артуру. В этот день командование эскадры решило для предотвращения обстрела с моря флангов обороны крепости произвести минную постановку в бухте Тахэ. В море вышел “Амур” в сопровождении крейсера “Новик”. Впереди с тралами шли минные крейсера “Всадник” и “Гайдамак”. Сгущался туман. Капитан 2 ранга Иванов, опасаясь дальнейшего ухудшения видимости, чтобы успеть определить точное место перед постановкой по береговым ориентирам, приказал выбрать тралы и дать полный ход. Постановка 49 мин прошла успешно, но одна мина, падая за борт, перевернулась вверх треногой и зацепила сю минреп. При этом, вероятно, повредило колпак взрывателя и через 1-2 минуты за кормой “Амура” произошел взрыв. Поставленное минное заграждение прикрыло от обстрелов с моря правый фланг оборонявших крепость русских войск.
17 мая 1904 г. контр-адмирал Витгефт приказал снять все 75-мм пушки с “Амура” и передать их на заканчивающий ремонт эскадренный броненосец “Цесаревич”.
22 мая “Амур вышел в море на очередную постановку 50 мин у Голубиной бухты. Контр-адмирал В.К. Витгефт считал эту постановку последней для “Амура”, так как кончался запас мин на транспорте. Большие минные заграждения ставить было уже нечем, а из-за малых постановок рисковать столь ценным кораблем не стоило. На этом выходе впереди минного транспорта шли с тралами миноносцы “Боевой”, “Властный”, “Бесстрашный”, “Решительный”, “Смелый”, “Скорый”, прикрытие осуществлял крейсер “Новик”. Отряд намеревался следовать вдоль берега. Тотчас по выходе в трале первой пары миноносцев взорвалась мина, и трал вышел из строя. Еще несколько мин, поставленных с малым углублением, обнаружили с других миноносцев. Спустя некоторое время взорвалась мина в трале второй пары миноносцев. Вокруг этого места на поверхности наблюдалось 14 буйков. В связи с большой минной опасностью и выходом из строя тралов, “Амур” повернул к Порт-Артуру. На обратном пути взрывом очередной мины был выведен из строя последний трал у третьей пары миноносцев. “Амур” и “Новик” вернулись в гавань, следуя за легким шлюпочным тралом.
2 нюня командующий эскадрой приказал командиру “Амура” самому протралить фарватер для обеспечения выхода на постановку мин. На следующий день “Амур” с прикрывавшим его “Новиком” вышел по протраленному фарватеру за двумя парами миноносцев с тралами (“Бурный”, “Выносливый”, “Бесстрашный”, “Грозовой”). На заградителе имелось 50 приготовленных для постановки мин. Вскоре оба трала были уничтожены взрывами мин. Сначала две взорвались в трале первой пары, затем одна у второй пары. При этом сдетонировали еще две мины. Их взрыв произошел в расстоянии 3-5 саженей от тарана минного транспорта. Нос “Амура” приподняло вверх, брызги воды долетели до мостика, но течи в корпусе не было.