Вспомогательные механизмы состояли из двух главных циркуляционных помп, вспомогательной циркуляционной помпы и насоса, трех трюмно-пожарных насосов, двух насосов для перекачивания воды, 8 питательных донок котлов Бсльвиля, четырех вентиляционных машин, двух воздушных компрессоров, шпилевой машины, кормового шпиля, рулевой машины, двух донок испарителей воды для котлов, двух донок опреснителей, рефрижераторной машины. Пожарная система была изготовлена Балтийским заводом, на корабле следовало иметь три трюмно-пожарные помпы Вортингтона.
Ижорский завод должен был поставить по два якоря адмиралтейских становых и один запасной с железными штоками по 140 пудов к 1 июля 1905 г. К ним 3 цепных каната по 100 сажен. Стоп-анкер весом 35 пудов и 2 верпа в 23 и 15 пудов. Однако впоследствии были установлены якоря Холла.
На каждом корабле имелись следующие гребные суда: 2 40-футовых паровых катера, два 16-весельных рабочих катера, 6-весельный вельбот, 14-весельный катер и 2 тузика. Прежние паровые катера, оказавшиеся недостаточно мореходными, заменили новыми, с более мощными двигателями. Механизмы двух 40-футовых паровых катеров имели мощность по 70 и.л.с. (системы компаунд) и водотрубные котлы системы Ярроу которые поставил Путиловский завод.
Предусматривались подкрепления палубы в местах установки лебедок, облегченные рельсы для мин и якорей, паровые брашпиль в носу и шпиль в корме, а также более прочная фок-мачта с двумя стрелами.
После изменений артиллерийское вооружение предполагалось иметь из одного 120- и одиннадцати 75-мм орудий, четырех пулеметов; комплект снарядов для каждого орудия уменьшался вдвое. Вместо 60-см прожектора на кормовом мостике установили два 75-см прожектора и по одному на мачтовых площадках.
22 декабря 1904 г. управляющий Морским министерством вице-адмирал Ф.К. Авелан утвердил все изменения, кроме касающихся артиллерии, предполагая установку проходивших испытания 57-мм орудии. 26 января 1905 г. Авелан распорядился установить одно 120-мм орудие на корме, два 75-мм орудия и 4 пулемета. 31 января Балтийский завод представил МТК чертежи минного транспорта типа “Енисей” водоизмещением 2926 т. Все сделанные расчеты проверил корабельный инженер А.П. Шершов.
Однако доработка проекта продолжалась; с целью повышения жесткости обшивки и настила двойного дна предусмотрели дополнительные угольники, утолщенные флоры, шпангоуты и боковой кильсон. Водоизмещение возросло на 156 т, в том числе запас угля на 30 т; увеличение кормового подзора привело к удлинению корпуса на 1,1 м (при сохранении прежней длины по ватерлинии). Мстанснтрическая высота составляла 0,976, дифферент на корму — 0,064 м, число тонн на 1 см осадки — 9. Изменились расположение цепного ящика, шкиперской, лебедок, конструкция переборок угольных ям; штурманскую рубку вынесли из-под мостика наверх.
26 марта 1905 г. Ф.К. Авелан дал указание о немедленном заказе второго транспорта, наряд на который Балтийский завод получил 12 апреля. К этому времени Балтийский завод имел заказы по корпусной части, которые должен был закончить через восемь месяцев (эскадренный броненосец “Император Павел 1”, минный транспорт “Енисей”2-й, и учебный корабль “Петр Великий”), а по механической части только до июля-сентября.
28 мая начался стапельный период “Енисея”, несмотря на то, что чертеж общего расположения МТК утвердил месяцем позже, а остальные чертежи 23 августа.
21 ноября 1905 г. в присутствии морского министра вице-адмирала А.А. Бирилсва состоялись официальная закладка и спуск “Енисея”, но, пройдя всего 8,5 м, корабль остановился на стапеле. На следующий день комиссия в составе инспектора кораблестроения и всех инженеров завода осмотрела спусковое устройство. Под правым полозом осталось такое незначительное количество сала, что тиммерманка толщиной 1 мм почти во всех местах не проникала между полозом и спусковым фундаментом, сало было выдавлено внутрь. Сам полоз оказался сдвинутым с места и в кормовой части зазор между рыбиной и полозом оказался 71 мм. Под левый полоз тиммерманка проникала почти во всех местах, и на ней оставались следы сала. Выдавленного сала было много меньше. Комиссия решила, что без новой насалки фундамента произвести спуск невозможно, а потому следует снять спусковые рыбины, отодвинуть наружу полозья и осмотреть их в присутствии комиссии. Корпус транспорта прошел 8,5 м, и осталось мало места для разбега. При новом спуске необходимо было увеличить уклон спускового фундамента для увеличения начальной скорости и следовало поставить его на блоки клетки, подперев свесившуюся кормовую часть.