Одной из самых острых проблем для «объединителей» Японии оставался вопрос легитимизации власти. Ни Ода Нобунага, ни Тоётоми Хидэёси не получили титула «сёгун»; формально его мог даровать только император. Оба «объединителя» использовали императорский двор для укрепления своих позиций, получив назначения на высокие должности. Нобунага в 1578 г. был назначен Правым министром. Хидэёси в 1585 г. занял высшую придворную должность кампаку (канцлер), а затем стал тайко (регент при императоре). Простолюдину по происхождению, Хидэёси пришлось также прибегнуть к процедуре усыновления древним аристократическим родом Фудзивара. Правда, преемственности власти должности не гарантировали.
Пытаясь решить эту проблему, Хидэёси назначил наследником своего сына Хидэёри (1593–1615), а до достижения им совершеннолетия управлять страной должен был совет из пяти крупнейших даймё — Токугава Иэясу (1542–1616), Маэда Тосииэ, Мори Тэрумото, Кобаякава Кагэкацу и Укита Хидэиэ. Однако после смерти Хидэёси, скончавшегося от болезни в 1598 г., даймё вступили в борьбу за власть. К 1600 г. в стране сложилось две коалиции: западная, признававшая законным преемником Хидэёри, и восточная с Токугава Иэясу во главе, признававшая гегемоном Иэясу. 21 октября 1600 г. в битве при Сэкигахара (совр. префектура Гифу) 70-тысячное войско во главе с Токугава Иэясу одержало победу над 80-тысячным войском западной коалиции. В 1603 г. указом императора Гоёдзэй (1586–1611) Иэясу был назначен сёгуном. В ходе зимней кампании 1614 г. и летней 1615 г. замок Хидэёри был захвачен и сожжен, а он сам и его мать совершили самоубийство.
Еще до решающей битвы Иэясу позаботился о генеалогическом обосновании своих претензий на власть, возведя свое происхождение к роду Гэндзи (Минамото) — старейшему и влиятельнейшему из военных кланов. Представитель этого рода, Минамото Ёритомо, основал первый в истории Японии Камакурский сёгунат (1192–1333). В 1605 г. Иэясу передал должность сёгуна своему третьему сыну Хидэтада (1579–1632), получил назначение на должность «кампаку» и почетный титул «огосё» (отрекшийся сёгун) и формально удалился от дел, хотя фактически сохранил все нити управления в своих руках. Иэясу позаботился о соблюдении впредь четкого порядка передачи власти: титул сёгуна должен был переходить к старшему сыну в его семье. Династия Токугава просуществовала с 1603 по 1867 г.
Начало правления Токугава ознаменовалось изменениями во внешней политике, связанными с резким ужесточением отношения к христианам. Во многом эта политика была вызвана опасениями усиления европейского влияния вследствие дальнейшей христианизации. Указы против христиан начали издаваться еще при Тоётоми Хидэёси, но большинство из них не исполнялось. В 1612 и 1614 гг. вновь были изданы указы о запрете христианской проповеди, второй из них предписывал миссионерам покинуть страну. Лишь немногие проповедники ослушались этого указа и остались в Японии.