Отныне японцам под страхом смертной казни запрещались заграничные путешествия, все миссионеры, а также португальские торговцы подлежали высылке. С 1641 г. лишь голландцы и китайцы получили право торговли с Японией, и только в порту Нагасаки. Иностранцы могли приплывать также в небольшие порты в княжестве Сацума и на острове Цусима (в основном, торговавшими с Рюкю и Кореей соответственно). Бакуфу продемонстрировало решимость последовательно выполнять указы о закрытии страны — когда в 1640 г. в Нагасаки прибыл португальский корабль с 61 посланником, просившими смягчить запрет для португальцев, все они были обезглавлены, а экипаж, состоявший из 13 китайцев, отпущен в Макао, дабы сообщить об их судьбе. Несмотря на «закрытость» страны, ее торговый и культурный обмен с другими странами не был полностью прекращен. Даже в XVIII в. часть отраслей ориентировалась на внешнюю торговлю (в том числе производство шелковых тканей в Киото) и ввозимое из-за моря сырье. Европейские знания (так называемые рангаку или «голландские науки») в области математики, картографии, оптики, медицины, ботаники проникали в Японию через контакты с голландцами в Нагасаки (хотя иностранцы жили обособленно на отдельном острове и в специальном квартале). Благодаря этому в 1671 г., например, была издана «Всеобъемлющая карта мириады народов» — карта с рисунками, изображающими жителей различных стран (в основном азиатских), и их этнографическим описанием.
Закрытие Японии способствовало наступлению стабильности в стране, что подстегнуло экономический рост. За период с 1600 по 1720 г. площадь посевных земель в стране увеличилась на 82 %. Благодаря технологическим и агрокультурным инновациям выросла и урожайность. Повышение урожайности, отмена внутренних таможенных пошлин способствовали развитию торговли и ремесел. Продолжился рост городов: Эдо (совр. Токио), небольшая деревушка, которую в 1590 г. Иэясу сделал своей ставкой, к концу XVII в. стал крупнейшим городом в мире с населением около 1 млн человек, население городов Осака и Киото сравнялось с населением Лондона и Парижа.
Хотя император и его двор не обладали никакой властью в стране, институт императорской власти был сохранен, и формально указ о своем назначении сёгуны получали от императоров. Сёгуны демонстрировали свое покровительство императорскому дому, оплачивая расходы на ремонт и сооружение дворцов и резиденций императора и его двора. Для установления родственных контактов между императорским родом и домом Токугава использовались брачные связи. В то же время сёгунат издавал распоряжения, предписывавшие аристократии заниматься лишь традиционными искусствами и церемониями, не покидать пределы дворцового комплекса и т. п. Представители аристократии не могли назначаться ни на военные, ни на гражданские должности в аппарате управления бакуфу.
Владения сёгунов располагались в 47 из 68 провинций и составляли примерно одну шестую часть всех возделываемых в стране земель, концентрируясь в основном в восточных районах Хонсю. Значительную часть доходов сёгунат получал также, контролируя крупнейшие города — Эдо, Осака, Сакаи, Киото, Фусими, Нара и Нагасаки. Кроме того, сёгунат обладал монополией на разработку серебряных и медных рудников.
Владения даймё — княжества (хан) — занимали три четверти всей территории архипелага. На протяжении эпохи Токугава одновременно существовало около 260 княжеств. Однако даймё занимали подчиненное положение по отношению к бакуфу. Такая система политического управления в историографии получила название «бакухан» (бакуфу+хан), она оформилась в период правления трех первых сёгунов династии Токугава, т. е. не ранее 30-40-х годов XVII столетия. Большая часть даймё выдвинулись на службе дому Токугава. Лишь в редких случаях положение даймё удалось сохранить представителям кланов, возникших до появления на исторической арене Ода Нобунага. Все даймё делились на три группы. Возглавляли иерархию симпан-даймё (родственные роду Токугава дома; их насчитывалось 23). Затем следовали фудай-даймё («наследственные даймё», союзники Токугава в битве при Сэкигахара, к концу XVIII в. их насчитывалось 145). Затем тодзама-даймё («внешние даймё», бывшие противники Иэясу, их насчитывалось 98). Большая часть владений фудай-даймё располагалась в районе Канто, неподалеку от Эдо. Владения тодзама-даймё концентрировались в основном западнее г. Осака или на окраинах архипелага. По своему экономическому потенциалу тодзама-даймё зачастую превосходили фудай-даймё, но политически были бесправны, так как не имели права занимать должности в аппарате сёгуната.