С 1633 г. бакуфу периодически направляло инспекторов (дзюнкэнси) во владения даймё для проведения проверок. Даймё должны были также регулярно предоставлять отчетную документацию — переписи населения, отчеты о судебной деятельности и т. д. В 1644 г. было предписано предоставить бакуфу подробные карты княжеств с указанием урожайности земель. Даймё были обязаны помогать бакуфу в осуществлении многочисленных проектов по сооружению крепостей, резиденций, дворцов и т. д., предоставляя материальные и людские ресурсы. Резиденция сёгунов Токугава и правительства — замок в Эдо, реконструкция разрушенного Осакского замка, сооружение храмового комплекса Никко, где почитался основатель династии Токугава Иэясу, и многие другие проекты были осуществлены за счет княжеств. В зависимости от доходности княжествам предписывалось также содержание фиксированного числа военных сил.
Несмотря на небольшой размер, княжества обладали многочисленным административным аппаратом. Так, в княжествах Сакура и Овари насчитывалось порядка 150 должностей. Совокупный административный аппарат всех княжеств, возможно, достигал цифры в 350 тысяч чиновников. Уже к середине XVII в. важнейшие должности в большинстве княжеств замещались главами ограниченного числа родов. Обычно 80 % доходов княжества составляли поступления от земельного налога, ставка которого в среднем составляла около 30 % урожая, но в некоторых княжествах достигала и 70–80 %.
В 1632 г. сёгунат составил отдельные уставы для хатамото и гокэнин — «Сёси хатто», в 1655 г. были созданы уставы для буддийских священников, многочисленные регламентации регулировали также деятельность ремесленников и торговцев. Единого свода уголовных законов не существовало вплоть до 1742 г., когда был составлен «Кодекс из ста статей» («Осадамэгаки хяккадзё»). Однако законы не предавались широкой огласке, а напротив, хранились в качестве секретных внутренних инструкций, предназначенных для чиновников, в чьи обязанности входило вершить правосудие. В то же время конкретные указы и распоряжения широко обнародовались: вывешивались на доски объявлений, публично зачитывались.
Хотя княжества имели право издавать собственные законы, в основном они копировали законы бакуфу или следовали китайским образцам преимущественно времен династии Мин. В целом же господствовавшие среди самураев идеалы беспрекословного подчинения и преданности своему господину, а также культивировавшиеся в среде крестьянского и городского населения идеи о покорности властям и о необходимости следовать идеалам бережливости позволяли достичь высокой степени управляемости и были в этом отношении гораздо эффективнее уголовного законодательства.
К началу XVIII в. преимущественно в центральной Японии появились районы, специализировавшиеся на товарных культурах — хлопке (был завезен из Кореи в конце XVI в., в XVII в. одежда из хлопка получает распространение среди простолюдинов), табаке (завезен в Японию испанцами в конце XVI в.), индиго и др. Ни одно княжество не было полностью самодостаточным.
Большая часть городов возникала вокруг замков (призамковые города, дзёкамати), т. е. прежде всего они являлись политическими центрами, обычно с населением 10–30 тысяч человек. Но росли и крупные портовые города (Хаката, Сакаи, Нагасаки). Крупнейшим городом страны был ее административный центр — Эдо, ядро жителей которого составляли самураи. Киото сохранял значение культурной столицы, а также славился производством и окрашиванием шелковых тканей. Город Осака являлся крупнейшим центром оптовой торговли и главным рынком страны.
Городское управление также строилось по сословному принципу: делами торговцев и ремесленников, с одной стороны, и делами самураев — с другой, занимались разные органы административного управления делами. Возглавлявшие городскую администрацию магистраты (мати бугё) назначались бакуфу. В Эдо, Киото, Осака, ввиду важности этих городов, на должность мати бугё назначались даймё или прямые вассалы сёгуна.