Японское плавание на «Восток»
Один из даймё-христиан Датэ Масамунэ организовал в 1613 г. посольство к папе римскому и «южным варварам» (как называли в Японии европейцев). Правительство бакуфу на тот момент еще не окончательно склонилось к политике изоляционизма. Поэтому оно прислало своих людей для участия в путешествии. Посольству также предстояло вести переговоры с испанцами о заключении торгового договора. Сам Датэ Масамунэ стремился установить прямые торговые связи с Новым Светом.
Идею организации посольства выдвинул живший в Японии монах-францисканец Луис Сотело. На средства Датэ был построен корабль «Датэ Мару». Посольство (в 180 человек, включая самураев, около 40 португальцев и испанцев, множество купцов и моряков) во главе с Хасэкура Цунэнага стало вторым японским посольством в Европу (первое, также организованное даймё-христианами, отплыло из Нагасаки в западном направлении на европейском корабле в 80-е годы XVI в.). Третье состоялось лишь спустя 200 лет.
Корабль «Датэ Мару» пересек Тихий океан и пришел в Акапулько. Хасэкура Цунэнага и его люди пересекли Мексику и отплыли в Европу на испанском корабле. По дороге посольство останавливалось на Кубе. В Европе Хасэкура Цунэнага побывал в Испании, Франции и Италии. Но переговоры не принесли успеха, так как европейцы были обеспокоены усиливающимися гонениями на христиан в Японии.
К моменту возвращения послов в Японию в 1620 г. ситуация в стране изменилась к худшему. Новый сёгун Токугава Хидэтада в большей степени склонялся к политике «изоляционизма», чем его отец. Возможно, запрет торговли с Испанией и разрыв дипломатических отношений в 1623–1624 гг. были вызваны и докладами участников посольства, описавших испанскую политику в Новом Свете.
Новая волна гонений на христиан привела к массовым казням в 1622 г. в Нагасаки и в 1623 г. в Эдо. В следующие годы гонения на христиан продолжались, многих подвергали пыткам, принуждая отречься от веры. Документально подтверждена казнь около 3 тысяч христиан в этот период.
Последним всплеском христианской активности стало Симабарское восстание 1637–1638 гг. (на полуострове Симабара, о. Кюсю). Ряды восставших составляли крестьяне и рыбаки, доведенные до отчаяния нуждой, непомерными налогами и неурожаем 1637 г., но большая их часть принадлежала к христианам и выступала под христианскими лозунгами. Считается, что количество восставших насчитывало до 37 тысяч человек. Напуганное успехами повстанцев бакуфу мобилизовало против них более чем стотысячную армию. Практически все повстанцы были уничтожены (опустевшие области принудительно заселили жителями разных районов страны), антихристианские меры еще более ужесточились, рядом указов 1633–1639 гг. страна была фактически закрыта.