Значительную часть чиновников бакуфу составляли хатамото и гокэнин — непосредственные вассалы сёгунов. Хатамото насчитывалось около 5200 человек, часть из них были владельцами феодальных поместий, а часть получали содержание рисом, хатамото имели право на личную аудиенцию у сёгуна. Гокэнин (около 2 тысяч человек) в основном получали выплаты рисом и не имели права на личную аудиенцию у сёгуна. Сёгуны никогда не были единоличными правителями, решения принимались коллегиально. Хотя степень личного участия первых трех сёгунов династии Токугава в государственном управлении была велика, в дальнейшем она сокращалась.
Важными делами общегосударственного масштаба (контроль за императорским двором, контроль за даймё, внешняя политика, оборона, налогообложение и т. д.) и выработкой общего курса управления ведали Старшие государственные советники (родзю), число которых колебалось от четырех до шести. Родзю назначались из числа фудай-даймё высшего статуса (т. е. обладавших наибольшими доходами в рисовом эквиваленте). Младшие государственные советники (вакадосиёри, от трех до пяти человек), назначавшиеся из числа фудай-даймё более низкого ранга, ведали более частными аспектами управления — делами вассалов дома Токугава, назначениями на должности в административном аппарате, ранговыми продвижениями, военными делами и т. п. Важнейшими ведомствами, находившимися в подчинении у родзю, были Финансовое управление (кандзё бугё), Управление делами синтоистских и буддийских храмов (дзися бугё), Управление делами г. Эдо (Эдо-мати бугё). Претендент на ту или иную должность в аппарате сёгуната должен был обладать фиксированным годовым доходом, поскольку чиновники платили своим помощникам из собственных средств. В некоторых случаях бакуфу выплачивало дополнительные средства чиновникам, если их доходы не соответствовали полученной должности.
Моделью системы управления для княжеств служила система управления во владениях сёгунов Токугава. В начале правления каждого сёгуна (или при вступлении в права управления княжеством) даймё приносили клятву верности. Взамен они получали инвеституру на управление княжеством, скрепленную личной печатью сёгуна.
Даймё могли переводиться из одного княжества в другое, в наказание за серьезные провинности их владения могли быть конфискованы бакуфу. При первых пяти сёгунах около половины всех налогооблагаемых земель страны сменили своих владельцев. В дальнейшем наследственный принцип в княжествах становится ведущим, сёгунат вмешивался в редчайших случаях.
На деятельность даймё было наложено множество ограничений: без разрешения бакуфу они не могли ни ремонтировать, ни перестраивать свои замки (с 1615 г. даймё могли владеть только одной крепостью), ни вступать в брак; они были обязаны докладывать о подозрительных действиях своих соседей, им запрещалось укрывать преступников, замешанных в антиправительственной деятельности. В 1615 г. Иэясу составил «Кодекс для военных домов» («Букэ сёхатто»), в 13 статьях которого содержались рекомендации по управлению княжествами. Впоследствии в кодекс вносились изменения и дополнения. Со времен Иэясу кодекс зачитывали перед даймё во время церемонии инаугурации нового сёгуна. Действенным способом контроля над даймё была система заложничества (санкин котай), первоначально применявшаяся к тодзама-даймё, а с 1642 г. распространенная и на фудай-даймё. Один год князья со своими семьями должны были провести в столице Эдо, а на следующий год могли вернуться в свое княжество, оставив, однако, свою семью в Эдо.
Даймё имели право на издание законов, сбор налогов, чеканку монеты (монополия на чеканку монеты, имевшей хождение в масштабах всей страны, принадлежала сёгунату, но в рамках отдельных княжеств могли использоваться и собственные денежные знаки), осуществление судебных функций.
Если в эпоху «воюющих провинций» большинство воинов получали от своего господина поместье с правами управления и сбора налогов, в котором они и проживали, то к концу XVII в. такая система, получившая название система дзидзамураи (дзидзамураи или госи, сельские самураи), сохранилась лишь в 40 княжествах (около 17 % от общего числа княжеств). В большинстве же случаев самураи получали жалованье рисом и проживали в резиденции своего даймё, что делало их полностью зависимыми от рисового пайка и служило одним из факторов роста городов и развития внутреннего рынка.