Акты социально-экономической истории Севера России конца XV–XVI в.: Акты Соловецкого монастыря 1572–1584 гг. Л., 1990.
Грамоты святого Филиппа, митрополита Московского и всея России, в Соловецкую обитель // Душеполезное чтение. 1861. Ч.3.
«Житие св. Филиппа» Тулповской редакции; «Житие св. Филиппа» Колычевской редакции // Колобков В. А. Митрополит Филипп и становление московского самодержавия: Опричнина Ивана Грозного. СПб., 2004.
Корецкий В. И. Соловецкий летописец конца XVI в. // Летописи и хроники. 1980 г. М., 1981.
Курбский А. История о великом князе Московском // Памятники литературы Древней Руси. Вторая половина XVI века. М., 1986.
Лобакова И. А. «Устав о монастырском платье» 1553 г. – один из неучтенных источников по истории Соловецкого монастыря времен игуменства Филиппа (Колычева) // Книжные центры Древней Руси: Соловецкий монастырь. СПб., 2001.
Арх. Макарий (Веретенников). Грамота святителя Макария о соловецком игумене Филиппе // Соловецкое море. Архангельск – Москва, 2004. Вып. 3.
Сапожникова О. С. Записка об обретении и перенесении мощей митрополита Филиппа (Колычева) // Книжные центры Древней Руси: Соловецкий монастырь. СПб., 2001.
Новое известие о России времени Ивана Грозного. «Сказание» Альберта Шлихтинга. Л., 1934.
Описи Соловецкого монастыря XVI века. СПб., 2003.
Полное собрание русских летописей, тома: III (Новгородские летописи), XIII (Никоновская летопись), XXIX (Александро-Невская и Лебедевская летописи), XXX (Новгородская вторая, она же Архивская летопись), XXXIV (Пискаревский летописец).
Приговор об избрании Филиппа на митрополию // Собрание государственных грамот и договоров. М., 1813. Ч.1. № 193.
Рогинский М. Г. Послание Иоганна Таубе и Элерта Крузе // Русский исторический журнал. Пг., 1922.
Сапожникова О. С. Слово на перенесение мощей митрополита Филиппа Сергея Шелонина // Книжные центры Древней Руси. Соловецкий монастырь. СПб., 2001.
«Сказание о Филиппове строении иже в Соловецком монастыре»; «Сказание вкратце от летописца» о Соловецких игуменах // Буров В. А., Охотина-Линд Н. А. Три произведения конца XVI – начала XVII в. о Соловецком монастыре // Книжные центры Древней Руси. Книжники и рукописи Соловецкого монастыря. СПб., 2004.
Соутэм Т., Спарк Дж. Путь водою… // Английские путешественники в Московском государстве в XVI веке. Л., 1937.
Штаден Генрих. Записки немца-опричника. М., 2002.
Научная и научно-популярная литература
Альшиц Д. Н. Начало самодержавия в России. Л., 1988.
Андреев И. Алексей Михайлович. М., 2006.
Барсуков Н. П. Источники русской агиографии. СПб., 1882. С. III.
Богуславский Г. А. Острова Соловецкие. Архангельск, 1978.
Б[оде]-К[олычев] М. Л. Боярский род Колычевых. М., 1886.
Борисов Н. С. Две жизни Федора Колычева // Соловецкое море. Архангельск – Москва, 2007. Вып. 6.
Брагина И. Г., Сошин В. В. Церковь Святого Филиппа в Соловецком монастыре // Соловецкое море. Архангельск – Москва, 2007. Вып. 6.
Буланин Д. М. Филипп II // Словарь книжности и книжников Древней Руси. М., 1989. Вып. 2. Ч. 2. Л – Я.
Булычев А. А. Между святыми и демонами. Заметки о посмертной судьбе опальных царя Ивана Грозного. М., 2005.
Буров В. А. «Памяти Филиппу игумену»: к истории первых каменных храмов Соловецкого монастыря // Соловецкое море. Архангельск – Москва, 2007. Вып. 6.
Буров В. А. Путешествие каменного «келейного креста» преподобного Савватия // Соловецкое море. Архангельск – Москва, 2006. Вып. 5.
Буров В. А., Охотина-Линд Н. А. Три произведения конца XVI – начала XVII в. о Соловецком монастыре // Книжные центры Древней Руси. Книжники и рукописи Соловецкого монастыря. СПб., 2004.
Вернадский Г. В. Московское царство. Т. 1. Тверь – М., 1997.
Веселовский С. Б. Исследования по истории опричнины. М., 1963.
Волкова Е. Митрополит Филипп: Исторический очерк. Пг., 1915.
Володихин Д. М. Иван Грозный: Бич Божий. М., 2006.
Глаголева О., Толычева Т. «Не в силе Бог, но в правде!» Святитель Филипп Московский. М.,2007.
Дворкин А. Л. Иван Грозный как религиозный тип. Нижний Новгород, 2005.
Димитрий, архиеп. (Самбикин). Тверской патерик. Казань, 1907.
Дмитриева Р. П. Житие Филиппа митрополита (Колычева) // Словарь книжников и книжности Древней Руси. Вторая половина XIV–XVI вв. СПб., 1991.Ч. 1. А – К.
Арх. Досифей. Географическое, историческое и статистическое описание Соловецкого монастыря. Ч. 3. М., 1853.
Арх. Досифей. Летописец Соловецкой на четыре столетия, от основания Соловецкого монастыря до настоящего времени, то есть с 1429 по 1833 год. Москва, 1833.
Епатко А. Адам Олеарий о прп. Филиппе // Соловецкое море. Архангельск – Москва, 2007. Вып. 6.
Зимин А. А. Колычевы и русское боярство XIV–XVI вв. // Археографический ежегодник за 1963 год. М., 1964.
Зимин А. А. Митрополит Филипп и опричнина // Вопросы истории религии и атеизма. Сб. 11. М., 1963.
Зимин А. А. Опричнина Ивана Грозного. М., 1964.
Знаменский П. Произведения соловецкой письменности, относящиеся к личности св. Филиппа митрополита // Православное обозрение. 1883. № 4.