Исидор довольно быстро продвигался по карьерной лестнице, что стало возможно в первую очередь благодаря полученному им классическому образованию. Ученые называют различные образовательные центры поздневизантийского времени, но среди них лидируют два — Мистра и Константинополь. В Мистре, столице византийского Пелопоннеса (Мореи), являвшейся крупнейшим центром по переписке греческих рукописей, вероятно, сформировался уникальный почерк Исидора, а в Константинополе он имел возможность учиться у таких выдающихся учителей, как Мануил и Иоанн Хрисолоры или Иоанн Хортазмен, хотя наверняка нельзя сказать, кто из них был его учителем. Так или иначе, но под конец своего пребывания в Константинополе Исидор, благодаря образованию, зарекомендовал себя в качестве энкомиаста и вошел в ближайший круг императора Мануила II Палеолога, исполняя функции главного писца — переписчика его сочинений, и, как отмечают некоторые ученые, был соработником «философа на троне». Затем более чем на два десятилетия он удалился на Пелопоннес, где принял монашество в монастыре Контостефанос в честь св. Архистратига Божия Михаила и Бесплотных Сил близ Монемвасии и состоял на службе у Монемвасийского митрополита Кирилла. Исполняя это послушание, Исидор проявил себя как гимнограф, панегирист и ученый, занимавшийся по поручению митрополита составлением историко-канонических текстов, призванных урегулировать канонические вопросы о принадлежности епархий митрополии. Видимо, в это же время он знакомится с выдающимся философом Георгием Гемистом Плифоном, который не мог не оказать влияния на его мировоззрение.
Будущий Киевский митрополит был вполне типичным представителем интеллектуальной среды поздневизантийского общества, практиковавшим различного рода формы интеллектуального общения, распространенные в его время. Так, он состоял в переписке с разными лицами: от его соучеников по обучению в Константинополе до византийских императоров Мануила II и его сына Иоанна VIII Палеологов. Анализ этих сочинений, а также характер полученного Исидором образования позволяет заключить, что он был не просто рядовым византийским интеллектуалом, а гуманистом, по-особому относящимся к науке, философии, религии и входящий в элитарные т. н. «театры» или «салоны», где интеллектуалами обсуждались широкого круга научные вопросы.
Переломным моментом в жизни будущего Киевского митрополита стало его назначение кафигуменом императорского Свято-Димитриевского монастыря в Константинополе и дальнейшее участие в качестве посла в работе Базельского Собора, на котором обсуждался проект созыва Вселенского Собора для преодоления схизмы между Западной и Восточной Церквами. На основании анализа его выступления на Базельском Соборе мы пришли к выводу, что на нем Исидор впервые озвучил проуниатские идеи и это в значительной мере повлияло на всю его последующую судьбу, став в некотором смысле жизненной программой: вскоре после возвращения из Базеля его избрали Киевским митрополитом с тем, чтобы он обеспечил представительство Русской Церкви на униатском Соборе и позже продвигал унию в жизнь.
«Русский» период жизни Исидора также нашел в исторических источниках некоторое отражение. Анализ этих иногда немногословных упоминаний и комплекс документов по истории Ферраро-Флорентийского Собора 1438–1439 гг. свидетельствуют, что, за исключением нескольких несущественных замечаний, на Соборе он был практически безгласным. Однако примерно с весны 1439 г. и вплоть до подписания унии он вместе с другим митрополитом, Виссарионом Никейским, предпринял ряд практических действий, направленных на склонение православного духовенства к унии, благодаря чему объединение было достигнуто, правда, в ущерб чистоте православной веры. В данном случае Исидор последовательно проводил униатскую политику в соответствии с генеральной программой византийского императора Иоанна VIII Палеолога, которая, судя по всему, совпадала и с его собственными убеждениями. Мотивы действий Киевского митрополита следует искать прежде всего в политико-прагматическом расчете и желании достичь соединения между Церквами любой ценой ради главной цели — спасения угасающей Византии посредством военной помощи Запада в борьбе с турками. Таким образом, в этом вопросе Исидор является типичным эллинским патриотом, который готов на все ради спасения своего Отечества.