Епископ уговорил колебавшегося Жана V выступить против маршала. Через месяц следствие было закончено. Иоанн де Малеструа огласил грамоту, в которой Жиль обвинялся во многих преступлениях, и после того, как все формальности были соблюдены, появилось предписание об аресте. На следующий день гвардейский капитан Жан Лабо, действовавший по поручению герцога, и Робин Гийоме, нотариус, выступавший от имени епископа, в сопровождении небольшого отряда подошли к замку Машекуль. Ближайшие приспешники, Роже де Брикевиль и Жиль де Сийе, бежали. Жиль и Прелати были закованы в цепи. Робин Гийоме обыскал весь замок, от подвалов до верхних этажей, обнаружил окровавленные рубашки, обугленные кости, черепа и пепел - всё то, что Прелати не успел сбросить в канавы и сточные ямы. Жиль и его помощники были препровождены в Нант, в замок де ля Тур Нёв. Сразу были созданы два Трибунала. Один, церковный, должен был рассматривать преступления против Церкви, другому, гражданскому, подлежали прочие злодеяния. Вел заседание Иоанн де Малеструа. Судьями он выбрал епископов Мана, Сен-Брийока и Сен-Ло, кроме высшего духовенства, в процессе принимали участие законоведы: Гийом де Монтинье, адвокат, Жан Бланше, бакалавр-правовед, Гийом Гроиге де Робер де ля Ривьер, лиценциаты "обоих прав", Эрве Леви, сенешаль Квимпера. Пьер де л"Оспиталь, канцлер Бретани, который в соответствии с законодательством должен был возглавлять гражданское судебное разбирательство, помогал Иоанну де Малеструа. Прокурорский надзор в церковном Трибунале был поручен Гийому Шапейрону, кюре Сен-Никола. К нему были приставлены помощники: Гоффрой Пипрер, настоятель Сант-Мари, и Жак де Пенткетдик, член церковного суда Нанта.
Инквизиторский надзор осуществлял грозный и опытный Иоанн Блуин из нашего ордена. Он был послан главным инквизитором Франции Гийомом Мереси и исполнял должность вице-инквизитора епархии и города Нанта.
В первый день были заслушаны рассказы родителей, потерявших своих детей, затем Робин Гийом, назначенный судебным исполнителем, зачитал указ о вызове в суд Жиля де Рэ. Маршала привели, он заявил, что сомневается в компетенции Трибунала, но прокурор отклонил его отвод как безосновательный и "пустой", сочтя его "способом вызвать затруднения и отсрочить наказание за совершенные преступления". Он огласил обвинения, в ответ маршал выкрикнул, что прокурор - лжец. Тогда Гийом Шапейрон протянул руку к распятию и поклялся в том, что говорит истинную правду, а потом призвал маршала сделать то же самое.
Но этот человек, не отступавший ни перед каким святотатством, дрогнул и отказался принести клятву перед Богом.
Шапейрон пункт за пунктом перечислял все преступления де Рэ, предъявил ему обвинение в совершении ряда убийств, отягощенных издевательствами и насилием, в колдовстве и чернокнижии, в том, что он нарушил неприкосновенность Святой Церкви разбойничьим нападением на Сент-Этьен-де-Мер-Морт. Народ, содрогаясь, выслушал Шапейрона. Он потребовал отлучить Жиля от Церкви, во-первых, как еретика, сатаниста, отступника и, во-вторых, как содомита. Жиль пришёл в бешенство от этого обвинительного заключения. Он отказался отвечать на вопросы, предпочитая поносить членов Трибунала, и замолк, как только речь зашла об опровержении обвинений. Тогда епископ и вице-инквизитор объявили его виновным и вынесли приговор об отлучении его от Церкви. Приговор тотчас был обнародован.
На следующий день после того, как Жиль де Рэ изрыгал проклятия на членов Трибунала, его снова привели в суд. Он предстал перед судьями с низко опущенной головой, молитвенно сложив руки. За несколько часов его ярость стихла, он образумился, признал полномочия Трибунала и попросил прощения за нанесенные оскорбления. Ему было объявлено, что об инциденте, происшедшем накануне, будет забыто ради любви к Господу. Начиная с этого дня суд занялся также Прелати и другими сообщниками Жиля. Прокурор, опираясь на церковное постановление, согласно которому исповедь обвиняемого признается недостаточной в случае её "сомнительности, путаности, слишком общего характера, умозрительности, несерьезности", провозгласил, что Жиль должен подвергнуться пыткам. Его просто пугали - барон по закону не мог быть им подвергнут. Маршал попросил епископа подождать ещё один день, клялся, что поведает обо всем перед Трибуналом и публикой. Его оставили одного в холодном каземате.
Что произошло с ним в эту ночь, в одиночестве, когда он наконец понял, что возмездие неотвратимо? Многодневный тяжелый хмель, угар вечных попоек, начал выветриваться из его головы, он очнулся душой и проснулся совестью, ужаснувшись содеянному.
В тот день зал заседаний Трибунала был набит, толпа заполонила лестницы, двор, прилегающие к зданию улочки, преградила дороги. Со всей округи пришли крестьяне, чтобы посмотреть на чудовище. Трибунал собрался в полном составе. Даже те, кто обычно искал себе замену, не выдерживая долгих заседаний, были на своих местах.