Таким образом, сражение было проиграно, и погиб не один храбрый солдат; но главные силы армии еще были целы, а положение Помпея было менее опасно, чем положение Цезаря после поражения при Диррахии. Но если среди превратностей судьбы Цезарь научился понимать, что счастье иногда на время покидает даже своих любимцев, чтобы снова быть завоеванным ими, то Помпей до этой минуты знал счастье только как постоянно верную ему богиню и отчаялся в себе и в нем, как только оно его покинуло; если в могучей натуре Цезаря отчаяние только еще больше развивало его огромные силы, то мелкая душа Помпея под гнетом отчаяния опустилась в бездонную пропасть уныния. Как некогда, во время войны с Серторием, он готов был, бросив доверенный ему пост, бежать перед оказавшимся более сильным противником, так и теперь, увидев отступавшие за реку легионы, он сбросил с себя роковой пояс полководца и ускакал по ближайшей дороге к морю, чтобы там найти для себя судно. Его армия, деморализованная и оставшаяся без вождя (хотя Помпей и признал Сципиона своим товарищем по командованию армией, все-таки он был главнокомандующим только по имени), надеялась спрятаться за лагерными валами, но Цезарь и здесь не оставил ее в покое; упорное сопротивление римской и фракийской лагерной стражи было сломлено, и вся масса вынуждена в беспорядке подняться на высоты Краннона и Скотуссы, у подножья которых был разбит лагерь. Двигаясь по этим высотам, армия старалась снова достигнуть Лариссы, но войска Цезаря, невзирая ни на добычу, ни на усталость, двигаясь по лучшим дорогам в глубь равнины, преградили беглецам путь; а когда поздно вечером помпеянцы сделали привал, их преследователи сумели провести линию укреплений, преградивших отступавшему войску доступ к единственному находившемуся поблизости ручью. Так кончился день фарсальского сражения. Неприятельская армия была не только разбита, но и уничтожена. Пятнадцать тысяч помпеянцев, убитых и раненых, осталось на поле брани, в то время как цезарианцы не досчитывали всего только 200 человек; оставшаяся еще сплоченной масса войска, около 20 тыс. человек, на другое утро после боя сложила оружие; лишь отдельные отряды, в которых были, правда, самые выдающиеся из офицеров, искали убежища в горах; из одиннадцати неприятельских орлов девять были переданы Цезарю. В день битвы Цезарь, напоминавший солдатам о том, что они должны видеть во врагах своих сограждан, обращался с пленными не так, как Бибул и Лабиен; однако и он нашел нужным теперь применить строгость. Простые солдаты были зачислены в армию; лица высшего сословия наказаны денежным штрафом и конфискацией имущества; пленные же сенаторы и знатные всадники, за немногими исключениями, были приговорены к смертной казни. Время милосердия миновало; чем дольше тянулась гражданская война, тем безнадежнее и непримиримее она становилась.
Прошло некоторое время, прежде чем удалось учесть последствия дня 9 августа 706 г. [48 г.]. Бесспорнее всего было то, что на сторону Цезаря перешли все, кто держался партии, разбитой при Фарсале, только потому, что она была самой могущественной; поражение было такое решительное, что победителю достались все те, кто не хотел или не должен был бороться за проигранное дело.
Все цари, народности и города, составлявшие до тех пор клиентелу Помпея, отозвали теперь свои флотилии и отряды и отказались принимать у себя беглецов из разбитой партии. Так поступили Египет, Кирена, сирийские, финикийские, киликийские и малоазийские общины, Родос, Афины и вообще весь Восток. Боспорский царь Фарнак довел свое усердие до того, что после известия о фарсальской битве завладел не только городом Фанагорией, который за много лет до этого Помпей объявил независимым, и владениями признанных им колхидских властителей, но и Малоармянским царством, дарованным Помпеем царю Дейотару. Почти единственным исключением среди этого всеобщего подчинения был маленький городок Мегара, который заставил цезарианцев штурмовать его и взять с бою, да еще нумидийский царь Юба, который уже давно, и в особенности после победы над Курионом, мог ожидать со стороны Цезаря отнятия своего государства и вследствие этого должен был, конечно, худо ли, хорошо ли, держаться побежденной партии.