Побежденные отложились от новой монархии, — это было естественным и наиболее правильным выражением отчаянного положения. Горы и в особенности море служили тогда, как и с незапамятных времен, убежищем для всяких преступлений и для людей, бежавших от невыносимой нищеты и несправедливости. Сторонникам Помпея и республиканцам легко могла прийти мысль вести войну в горах и на море против вытеснившей их Цезаревой монархии и в особенности в обширных размерах возобновить пиратство с более правильной организацией и с определенной целью. Даже после отозвания пришедших с Востока эскадр они еще располагали очень значительным собственным флотом, тогда как Цезарь по-прежнему почти не имел военных судов; их связи с далматами, в собственных интересах восставшими против Цезаря, их господство над важнейшими морями и портовыми городами обещали морской войне, особенно войне в малом масштабе, благоприятнейшие результаты. Так же как некогда травля Суллой демократов кончилась восстанием Сертория, которое сначала было пиратской, потом разбойничьей войной и, наконец, превратилось в очень серьезную борьбу, так и теперь, если бы у Катоновой аристократии или у сторонников Помпея было столько же одушевления и огня, как у марианской демократии, и если бы в ее рядах оказался настоящий властитель морей, на непокоренном еще море могло бы сложиться независимое от монархии Цезаря и, может быть, способное помериться с ней государство.
Более резкого порицания во всех отношениях заслуживает мысль вовлечь в римскую войну независимое соседнее государство и при его помощи произвести контрреволюцию: закон и совесть осуждают перебежчика строже, чем разбойника, и для победоносной разбойничьей шайки обратный путь к свободному и благоустроенному государству легче, чем для эмиграции, которой удается вернуться при помощи врага родной страны. Впрочем, было маловероятно, чтобы разгромленная партия таким путем могла произвести реставрацию. Единственным государством, в котором эмиграция могла искать опоры, было парфянское; однако было очень сомнительно, захочет ли оно чужое дело считать своим, и совершенно невероятно, что оно сможет отстоять его против Цезаря. Но пора республиканских заговоров еще не наступила.
В то время как остатки разгромленной партии беспомощно отдавали себя на произвол судьбы, и даже люди, решившиеся продолжать борьбу, сами не знали, где и как ее вести, Цезарь, как всегда, быстро решая и действуя, отложил все в сторону, чтобы преследовать единственного из своих противников, которого он уважал как полководца, зная, что если он возьмет его в плен, то этим парализует действия половины его противников, и притом наиболее опасных. С небольшим экипажем переправился он через Геллеспонт (его барка наткнулась здесь на неприятельский флот, направлявшийся в Черное море, и взяла в плен весь экипаж, ошеломленный вестью о фарсальской битве) и, когда необходимые приготовления были сделаны, поспешил за Помпеем на Восток. После фарсальской битвы Помпей отправился на Лесбос, взял свою жену и второго сына Секста и двинулся дальше, мимо Малой Азии, в Киликию, а оттуда к Кипру. Он мог бы проехать к своим приверженцам в Керкиру или Африку; но антипатия к аристократическим союзникам и мысль о приеме, который его там ожидал после фарсальского сражения и особенно после его позорного бегства, по-видимому, заставили его идти своей дорогой и скорее искать покровительства у парфянского царя, чем защиты у Катона. В то время как он собирал у откупщиков податей и у купцов деньги и невольников и вооружал 2 тыс. рабов, он получил известие, что Антиохия высказалась за Цезаря и что путь к парфянам уже несвободен. Тогда он изменил свой план и поплыл на судах в Египет, где в войске служило много его прежних солдат и где положение дел и большие средства страны давали время и возможность заняться реорганизацией армии.
В Египте после смерти Птолемея Авлета (в мае 703 г. [51 г.]) на престол, по воле отца, совместно и как супруги вступили его дети, 16-летняя Клеопатра и 10-летний Птолемей Дионис; вскоре после этого брат — или, вернее, его опекун Пофин — изгнал сестру из государства и заставил ее искать убежища в Сирии, где она принимала меры, чтобы вернуться в отцовское царство. Птолемей и Пофин со всей египетской армией стояли при Пелузии, чтобы защитить восточную границу от Клеопатры; в это время Помпей был на море у Казийского мыса и послал просить у царя разрешения высадиться. Египетский двор, давно уже знавший о фарсальской катастрофе, хотел было отвергнуть просьбу Помпея, но гофмейстер царя Феодот указал на то, что Помпей благодаря своим связям в египетской армии может вызвать в ней восстание и что было бы гораздо вернее и удобнее по отношению к Цезарю воспользоваться этим случаем и убить Помпея. Такими политическими соображениями охотно руководствовались государственные деятели эллинского мира. Генерал царских войск Ахилл и несколько бывших солдат Помпея на лодке подплыли к кораблю Помпея и предложили ему навестить царя и, так как фарватер стал мелок, перейти в их лодку.