Николо-Угрешский монастырь был свидетелем конфликта рязанского воеводы Прокопия Ляпунова и казацкого атамана Ивана Заруцкого. Именно у стен Николо-Угрешского монастыря соединились отряды зарайских и рязанских дворян во главе с рязанским воеводой Прокопием Ляпуновым и казацкого атамана Ивана Заруцкого – вождей первого земского ополчения 1611 г. П. Ляпунова воспринимали как главного народного вождя, он был врагом развращенного, корыстолюбивого боярства и воров всех мастей, не говоря уже о иноземных недругах. И. Заруцкий – более спорная личность. Было время, когда он находился в рядах сторонников Тушинского вора (тушинские казаки пребывали под началом князя Трубецкого и атамана И. Заруцкого), но затем он решил служить общерусскому делу. В первом земском ополчении казаки И. Заруцкого не ладили с земскими людьми и особенно ненавидели П. Ляпунова, выступавшего против грабежей, разбоя, захвата чужого имущества. Отряды зарайских и рязанских дворян рвались в бой с поляками, казаки же медлили, в основном промышляя грабежом в окрестных селениях. П. Ляпунов пытался силой восстановить дисциплину и порядок в рядах ополчения. Матвей Плещеев – воевода П. Ляпунова – схватил со своим отрядом 28 казаков, когда они грабили подмосковную слободу Николо-Угрешского монастыря. В наказание казаки их посадили в воду, кого-то даже утопили. Казаки отомстили П. Ляпунову, обвинив его в измене. Буквально через несколько недель он был вызван в казачий круг и изрублен на куски. (Как уже отмечалось, Иван Заруцкий в 1614 г. был казнен в Москве.)
В Николо-Угрешский монастырь приезжал и князь Д.М. Пожарский (1578–1642, с 1613 г. – боярин) – русский полководец, народный герой, соратник К.М. Минина, участник первого и один из руководителей второго земского ополчения. У стен этого монастыря возглавляемое им войско разбило войско тушинского атамана Салькова. Князь Д.М. Пожарский с ополченцами второго земского ополчения некоторое время находился в этом монастыре.
Николо-Угрешский монастырь сильно пострадал в Смутное время (начало ХVII в.). Он возобновил свою деятельность после избрания на престол царя Михаила Федоровича Романова в 1613 г. После окончания Смуты монастырь постепенно отстроился и начал снова богатеть. Этому активно способствовали русские цари из династии Романовых. В 1614 г. по приказу 18-летнего царя Михаила Федоровича Романова обновили разрушенный Никольский собор, начали восстановление монастыря. В течение двух столетий монастырь оставался постоянным местом паломничества великокняжеских и царских семей; особенно часто приезжал сюда на богомолье царь Алексей Михайлович Романов (царствовал с 1645 по 1676 г.).
В монастырь часто приезжали не только государи, но и церковные иерархи, поэтому в нем были устроены специальные Государевы и Патриаршие палаты – такой чести удостаивались немногие монастыри (правда, это связано не только с историей этого монастыря, но и с тем, что поблизости, в селе Остров, находилась царская резиденция). Цветущее состояние и хорошее благоустройство монастыря для принятия сановитых гостей определили то, что в 1668 г. в него приезжали сразу три патриарха: Александрийский Паисий, Антиохийский Макарий и Московский Иоасаф.
Николо-Угрешский монастырь выполнял и роль тюрьмы, в него ссылали неугодных, людей, в том числе священников и монахов. В 1662 г. здесь подвергали пыткам участников Медного бунта в Москве.
В середине XVII в. (в 1666 г. и позже) в темнице монастыря томились враг патриарха Никона и глава старообрядцев знаменитый протопоп Аввакум и два других лидера старообрядцев – дьякон Федор и священник Никита Добрынин. Неистовый протопоп Аввакум (Аввакум Петрович, 1620–1682) – глава старообрядчества и идеолог раскола в Русской православной церкви, очень активно выступавший против церковных реформ патриарха Никона, находился в заточении в Николо-Угрешском монастыре 17 недель. Его сослали с семьей в 1653 г. в Тобольск, затем в Даурию. В 1663 г. он был возвращен в Москву, где снова продолжил борьбу с официальной церковью, поэтому в 1664 г. его сослали в Мезень. Затем его осудили на церковном соборе и сослали в Пустозерск, где он 15 лет провел в земляной тюрьме. Протопоп Аввакум написал «Житие» и другие сочинения, был талантливым писателем. В 1682 г. он по царскому указу был сожжен.