В 1921 г. он возглавил Всероссийский общественный комитет помощи голодающим. В 1922 г. в опубликованном церковном постановлении призвал церковно-приходские советы жертвовать для голодающих церковные ценности, кроме освященных предметов. Он заявил о недопустимости реализации в жизни декрета ВЦИК об изъятии церковных ценностей, резко осудил грабительские действия большевиков. В 1922 г. власти привлекли его к судебной ответственности, подвергли домашнему аресту, держали под надзором НКВД в Донском монастыре в Москве, а в 1923 г. он был арестован и находился два месяца в тюрьме ГПУ на Лубянке. Умер он в возрасте 60 лет, то ли от острого приступа болезни, то ли (что более вероятно) от укола врача. Новый власти был не нужен смелый и неподкупный человек во главе Русской православной церкви. Патриарх Тихон был похоронен в Донском монастыре в Москве, в 1989 г. он был канонизирован. Его святые мощи и в наши дни пребывают в Донском монастыре.
Николо-Угрешский монастырь новая власть закрыла в 1920 г. Началось разорение и разграбление монастырских ценностей, перестройка и разрушение монастырского комплекса. Многие ценности были национализированы, в том числе главная святыня обители – явленный образ Николая Чудотворца с житием (сейчас находится в Государственной Третьяковской галерее). В зданиях упраздненного монастыря разместили детскую колонию ОГПУ (место действия кинофильма «Путевка в жизнь», 1931 г.), фабрику-кухню, гостиницу, медицинские и спортивно-оздоровительные учреждения, часть помещений отдали под жилье. В конце 1920—1930-х гг. в монастыре размещалась трудовая колония для беспризорных детей – трудкоммуна им. Ф.Э. Дзержинского. Воспитанники этой колонии участвовали в строительстве ветки железной дороги от станции Панки до Подмонастырской слободы, которую переименовали в поселок имени Дзержинского. Именно эта история легла в основу первого советского звукового фильма «Путевка в жизнь». Позже поселок стал городом с тем же названием (следовало бы его изменить).
Архитектурный ансамбль монастыря год от года менялся к худшему, он потерял многие ценности и святыни. Уничтожили 4 храма и 4 часовни, в том числе в 1940 г. разрушили Никольский собор (XVI–XIX вв.). На всех храмах сломали главы и кресты, разграбили утварь и иконостасы. Здания перестроили, изменили их исторический облик и планировку, они безнадежно ветшали и разрушались.
В 1960 г. часть монастырского комплекса была поставлена на государственную охрану; в 1970 г. в сдержанном масштабе начали реставрацию монастырских строений. О характере этой охраны и реставрации свидетельствует пожар 1977 г., когда сгорел деревянный настоятельский корпус с храмом Преподобного Сергия Радонежского.
В начале 1990-х гг. верующие начали хлопоты по возвращению монастырских зданий их общине. В 1991 г. патриарх Алексий II освятил в монастыре храм Успения Богоматери. Сохранившиеся шесть храмов и часовня были переданы Русской православной церкви. Николо-Угрешский монастырь был возрожден в 1991 г., и тут же началась напряженная кропотливая работа по реальному восстановлению, ремонту, реставрации, благоустройству обители. В 1994 г. в этом монастыре жили 8 человек братии, в 1997 г. – уже 10 монахов и 30 послушников, после 2001 г. – 30 человек: более 12 иноков и 20 послушников.
Финансовых средств для восстановления и благоустройства монастыря не хватало и не хватает, как и рабочих рук для осуществления всего объема проводимых работ. В 1992 г. Николо-Угрешский монастырь обратился в Министерство обороны России с просьбой содействовать в обустройстве обители; на этот счет военными чиновниками было принято позитивное решение. Неподалеку от Николо-Угрешского монастыря находится Московское высшее общевойсковое командное училище. Вначале из него по приказу руководства направляли курсантов для выполнения работ в монастыре. Затем многие из них стали приходить сюда сами в выходные дни и помогать восстанавливать монастырь. Число курсантов и солдат, желающих быть откомандированными училищем в помощь монастырю на условиях проживания и работы в нем, быстро росло. Дела с восстановлением монастыря заметно пошли в гору.