Восстанавливая Спасо-Преображенский собор, в 1994 г. над самым большим куполом ухтомские вертолетчики водрузили полутонный позолоченный крест высотой 5,5 м, а затем вручную были установлены кресты на малых главках. Вятские мастера создали многоярусный иконостас высотой 21 м, украшенный деревянной резьбой, а места на тяблах заняли иконы, написанные палехскими художниками. Возрожденный Спасо-Преображенский собор является не только важным религиозным центром, но и архитектурной доминантой Николо-Угрешского монастыря и всего г. Дзержинска.
Никольская часовня (1893 г., арх. А.С. Каминский) была построена в память выбора места для создания Николо-Угрешского монастыря. Эта часовня построена в память явления в 1380 г. образа святого Николая Чудотворца князю Дмитрию Ивановичу, будущему Донскому. Эта восьмигранная часовня, завершенная куполом, также построена в русско-византийском стиле. Внутри часовни сохранились фрагменты масляной живописи. В настоящее время часовня полностью восстановлена.
Государевы, Патриаршие и Игуменские палаты с Успенской церковью, которые называли Настоятельскими покоями, представляют собой двухэтажный кирпичный корпус, построенный во второй половине XVII в., частично перестроенный и расширенный в XIX в., но сохранивший старую планировку и своды. Когда в XVIII в. Государевы палаты были упразднены, на их месте на втором этаже устроили теплую Успенскую церковь. В церкви и в приделе сохранились лепная отделка и масляные росписи середины XIX в. В 1980–1990 гг. эти палаты были реконструированы, восстановлено их историческое наружное убранство. В этих бывших Государевых и Патриарших палатах действует храм в честь Успения Пресвятой Богородицы с приделом преподобной Марии Египетской (на втором этаже) и святого апостола Матфея с приделом святой великомученицы Параскевы. Богослужения совершаются в верхнем храме.
Кирпичная с белокаменными деталями колокольня построена в стиле барокко в 1758–1763 гг., при этом она была перестроена от уровня второго яруса в 1859 г. Третий сохранившийся до наших дней ярус был построен в 1859 г. (на месте разобранного яруса, возведенного после 1778 г.); он первоначально представлял стройную башню из четырех убывающих по объему восьмериков, два из которых со временем были утрачены. Основание колокольни прорезано арочными воротами. Надвратный храм в честь Усекновения главы Святого Иоанна Предтечи (Предтеченский храм) размещен во втором ярусе колокольни в четверике, в нем сохранилась настенная живопись; храм был перестроен в 1859 г.
Двухэтажные Больничный и два Братских корпуса (Восточный и Южный) окаймляют монастырский двор с двух сторон; они были построены в период с 1855 по 1858 гг. Больничный корпус и размещавшаяся в Южном братском корпусе богадельня имеют домовые церкви, над которыми возведены пятиглавия и шатры. Больница имеет храм в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих радость» (середина XIX в.). Храм был устроен к 1870 г. Кроме того, сохранился Новый братский корпус, построенный в 1892 г., а затем надстроенный двумя этажами.
До наших дней сохранились сильно переделанные разные служебные постройки: конюшенный корпус, книжная лавка, сторожка, просфорная и др.; они были построены в основном в 1850-х – 1890-х гг.
На территории монастыря сохранился обособленный комплекс скита, созданный по подобию Оптинского. Скит был образован в 1859–1860 гг. на новом участке монастыря на берегу живописного пруда (во второй половине XIX в. территория обители была значительно увеличена). В состав скитского комплекса входят деревянная церковь, дом настоятеля, домики келий. Выстроенный из дерева скит был с двух сторон обнесен каменными стенами, а две его другие стены были деревянными. Деревянная рубленая, обшитая тесом церковь Петра и Павла была основана в 1860-х гг. Шатровое покрытие храма и двухъярусная колокольня были восстановлены в 1990-х гг.