Митрополит Алексий умер в 1378 г. в возрасте 85 лет, из них 24 года он пребывал на святительском митрополичьем престоле. Мощи святителя Алексия сначала покоились в Чудовом монастыре в Московском Кремле, в месте его первоначального захоронения. Потом его мощи были перенесены в Успенский собор; а в наши дни они почивают в Богоявленском Елоховском соборе в Москве. В храме Ильи Пророка в Москве в Черкизово есть древняя икона «Чудо исцеления хатуни Тайдулы митрополитом Алексием».
В 1360 г., когда митрополит Алексий начал строительство Владычного монастыря, ему было 67 лет, а великому князю Московскому Дмитрию Ивановичу – всего 10 лет. Создавая этот монастырь, митрополит думал не только о его религиозном значении, но и о его военно-стратегических возможностях. Монастырь расположили на ровном, плохо защищенном месте, но из него прекрасно просматривалась окружающая местность, в том числе оба берега Оки, что давало возможность для организации в монастыре сторожевого поста, дозора. Монастырь поставили на правом берегу р. Нары.
Шли годы, десятилетия и века, менялись правители государства, но мало что изменялось в жизни Владычного монастыря. Этот монастырь не был богатым и процветающим, хотя военно-стратегические функции он выполнять мог.
Затем неожиданно, но только на относительно короткий срок, судьба этой обители счастливо изменилась. Произошло это в 1598 г. благодаря очередной то ли хитрости, то ли уму правителя Бориса Федоровича Годунова (1552–1605, царь с 1598 г.) и несомненному дипломатическому таланту русского посла Леонтия Ладыженского. В значительной мере благодаря умелым дипломатическим маневрам русского посла Леонтия Ладыженского крымский хан не отправился в поход на Москву, отказался от военных действий. Л. Ладыженский не был равнодушен к Владычному монастырю, где игуменом был его родственник Вассиан.