В ХVII в. монастырь жил тихой жизнью. Но в конце ХVIII в. монастырь пришел в упадок и был реорганизован. В конце ХVII – начале ХVIII в. он потерял свою самостоятельность; был приписан сначала к серпуховскому Высоцкому монастырю, а в 1724 г. – к московскому Заиконоспасскому монастырю. В то время он окончательно пришел в бедственное положение. В 1806 г. Владычный монастырь по ходатайству митрополита Платона (П.Г. Левшина) был преобразован в женский. Это укрепило его экономическое положение и создало основу для строительства хозяйственных и других зданий. В 1836 г. в монастыре произошел пожар, но именно он заставил продолжить активное строительство. Построили каменный настоятельский корпус. В 1858 г. возвели большой двухэтажный корпус для монастырской трапезной и служб. Велось строительство в монастыре и в более позднее время. Но эти ремонты и реконструкции зданий чаще не спасали их, а наносили ущерб их архитектурно-планировочному облику. В ХIХ в. к западной части монастыря присоединили новую территорию; ее окружила оригинальная ограда с башенками и воротами, выполненными в псевдорусском стиле.
В царский период Владычный монастырь славился собранием редких и древних икон, были среди них и почитаемые чудотворные образы, были ценные книги, драгоценная церковная утварь ХV – ХVII вв.
В царский период во Владычном монастыре пребывала и прославилась исцелением страдающих от недуга пьянства икона Божией Матери «Неупиваемая чаша». История ее обретения такова. Народная молва гласит, что в XIX в. крестьянин соседнего Ефремовского уезда Тульской области, в прошлом бравый солдат, стал беспробудно пить, пропивал всю пенсию и стал нищим. Ноги у него отнялись от пьянства, но он продолжал губить себя выпивкой. Во сне в 1878 г. к нему неоднократно являлся слепой старец и велел пойти в Серпухов, в Высоцкий монастырь, и отслужить молитву перед иконой Божией Матери «Неупиваемая чаша». Крестьянин еле-еле дошел на больных ногах до монастыря, но о чудотворной иконе там не знали. Потом вспомнили, что в ризнице есть икона и на ней есть чаша. А когда посмотрели повнимательнее, то на обороте прочли надпись «Неупиваемая чаша». Крестьянин помолился перед ней и исцелился от мучивших его недугов. Весть об этой истории разнеслась по всей России, и к чудотворной иконе отправились богомольцы – ведь пьянство и болезни всегда были бичом россиян. В советский период эта чудотворная икона пропала, но с нее успели сделать несколько списков, некоторые из них также стали почитаться как чудотворные. Один из этих чудотворных списков с иконы Божией Матери «Неупиваемая чаша» и в наши дни пребывает в монастыре. Этот чудотворный список, как утверждают верующие люди, помогает в исцелении от пьянства, наркомании, курения, а также в решении жилищных проблем.
В царский период при монастыре действовали мастерские, больница с аптекой, где бедным людям бесплатно выдавали лекарства.
В конце ХIХ – начале ХХ в. Владычный Введенский Серпуховской монастырь пребывал в цветущем состоянии. Число насельниц возросло почти до 400 (тогда как ранее никогда не превышало 30), в том числе игуменья, 50 монахинь и более 330 послушниц.
В разные времена в монастыре жили особо почитаемые инокини. Так, в монастыре в 1806–1845 гг. жила известная блаженная старица Ефросиния (Евдокия Вяземская, умерла в 1855 г., канонизирована). В миру она была фрейлиной императрицы Екатерины II, затем она тайно удалилась от двора и по благословению митрополита Платона поселилась во Владычном монастыре. Неоднократно приезжавший в монастырь митрополит Московский Филарет (Дроздов В.М., 1783–1867, митрополит с 1826 г., канонизирован) первым делом навещал юродивую старицу и беседовал с ней. Блаженная старица Ефросиния умерла в возрасте 120 лет, ее похоронили в селе Колюпаново, около г. Алексина).
В 1867–1872 гг. жила в этом монастыре монахиня Рахиль (М.М. Короткова, 1833–1928), последняя подвижница Спасо-Бородинского монастыря (она также была канонизирована). Именно здесь она была пострижена в монахини святителем Филаретом.
Все игуменьи монастыря были грамотными и энергичными личностями. Так, игуменья Митрофания в 1869 г. основала даже в Москве Владычно-Покровскую епархиальную общину сестер милосердия; ее деятельность в самом монастыре в Серпухове была исключительно плодотворной.
В 1919 г. Владычный монастырь закрыли. На территории закрытого монастыря вначале разместили Школу красных военных летчиков, а потом там до 1978 г. находилось среднее военное летное училище. Многие здания были перестроены внутри и снаружи, исторические постройки ветшали. Затем 17 лет у закрытого монастыря не было хозяина. Монастырские здания постепенно приходили в полный упадок, разрушались. Частичная реставрация монастырского комплекса в 1970 г. мало что дала, а к началу 1990-х гг. бывший когда-то красивым комплекс обители больше напоминал живописные руины.