З.В. Верховский прибыл на о. Коневец на Ладожском озере, там в Коневском монастыре он был пострижен с именем Зосима. Затем вместе со старцем Василиском он вел отшельническую жизнь на о. Коневец. В 1799 г. они отправились в сибирские леса, где продолжили жизнь отшельников в окрестностях современного города Кузнецка. Отец Зосима основал в Западной Сибири в 1822 г. Свято-Троицкий Николаевский женский монастырь в г. Туринске, этому содействовал митрополит Московский Филарет. В Туринском монастыре воспитывались и стали монахинями его осиротевшие племянницы Варвара и Матрёна, ставшие монахинями Верой и Маргаритой (умерли соответственно в 1868 и 1859 гг.).
В 1825 г., когда о. Зосиме было 57 лет, он приехал в Москву, был принят святителем Филаретом и с его благословения поселился в Подмосковье. К старцу Зосиме приехала часть монахинь (22 сестры) из Туринского монастыря, они не хотели жить без его личного духовного общения с ними. Жить им было негде, поэтому поначалу их приютила в своем доме госпожа М.С. Бахметева, потом она отдала им часть земли на своей даче в Верейском уезде. Старец Зосима понял, что нужно официально создавать и обустраивать новую женскую обитель. Для постоянного размещения обители и обеспечения ее жизнедеятельности разные люди пожертвовали земли в Верейском уезде и других местах. Жертвователями средств и земель для обители стали, кроме М.С. Бахметевой, помещик В.И. Булыгин, родственники старца Зосимы – дворяне Верховские, известный московский благотворитель, купец 1-й гильдии С.Л. Лепешкин, грузинская царевна Тамара и грузинский царевич Ираклий и др. Старец Зосима назвал новую женскую обитель Одигитриевой, впоследствии ее стали называть Троице-Одигитриевым монастырем. Принято считать 1826 г. датой основания этой женской обители. В 1833 г., в возрасте 65 лет, Зосима принял схиму, стал схимонахом. Он умер в 1838 г. в возрасте 70 лет. Над его могилой возвели храм, посвященный по его воле Живоначальной Троице. В 1839 г. в пустыне похоронили и М.С. Бахметеву, которая в последние годы ее жизни жила в фактически созданной, но официально еще не утвержденной обители.
В 1841 г. при помощи митрополита Филарета было утверждено женское общежитие, его первой настоятельницей стала матушка Вера (Варвара Верховская). В южном приделе монастырского Троицкого храма похоронили племянницу старца Зосимы – первую схимонахиню обители Маргариту (Матрену Верховскую) в 1859 г., а 1868 г. матушку Веру.
С момента создания пустыни богатый московский купец С.Л. Лепешкин (умер в 1855 г.), а затем его сыновья оказывали ей очень большую финансовую помощь. На средства Лепешкиных, а также грузинской царевны Тамары и царевича Ираклия, других жертвователей в обители вели строительство, в первую очередь возводили, расширяли, украшали храмы.
В 1856 г. женская община была преобразована в монастырь. В обители духовная связь с Оптиной пустынью была очень тесной. В 1855 г., когда расширили Троицкий храм двумя приделами, его освятил митрополит Филарет в сослужении с оптинскими старцами Макарием (Ивановым), Антонием и Моисеем (Путиловыми); эти старцы в 1996 г. были канонизированы. Многие из первых пострижениц обители были духовными дочерьми Антония (Путилова).
Троице-Одигитриева Зосимова пустынь в царский период имела цветущий вид. В детские годы в этот монастырь любил приезжать Василий Меркулов – будущий старец преподобный Варнава Гефсиманский.
Много для успехов монастыря сделали его настоятельницы, все они были грамотными и энергичными женщинами. Первой настоятельницей обители в 1841 г. стала матушка Вера (Варвара Верховская, племянница старца Зосимы, умерла в 1868 г.); ей много помогала ее родная сестра схимонахиня Маргарита (Матрёна, умерла в 1859 г.). В 1850-е гг. в обитель поступили их племянницы Мария и Екатерина; позже первая из них, в монашестве Магдалина, стала третьей игуменьей монастыря. Матушка Афанасия (Н.Г. Качалова) была второй игуменьей Зосимовой пустыни; она приняла постриг по благословению преподобного Антония Оптинского. Особенно тяжелая доля выпала последней перед закрытием (в 1929 г.) обители игуменье, также Афанасии (Лепешкиной, умерла в 1931 г.), внучатой племяннице С.Л. Лепешкина; в конце 1990-х гг. она была канонизирована.